软件安装和环境变量

基本的安装软件

• 先了解一下基本方法，之后就用conda

• 分为几类

  • 第一类是二进制可执行程序，google找到软件下载地址，wget，解压即可

  • 第二类C源码程序，需要编译，一般是./configure,make,make install或者直接make，但是非常容易报错，比如作业题第11题，在下载samtools之后，为了编译和安装我先后装了gcc，zlib，libbzip2，每一个的装法还都不太一样，这个时候已经濒临崩溃了，但是系统残忍地告诉我，还是缺库。看来conda真是个好东西。

  • 遇到的一些安装代码：sudo apt-get install yum install``wget

• 另外我注意到Jimmy老师的 生物信息学常见1000个软件的安装代码！中经常出现这样的配置方法：./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin，而不是简单的./configure。一查才知，--prefix选项是配置安装的路径，如果不配置该选项，安装后可执行文件默认放在/usr/local/bin，库文件默认放在/usr/local/lib，配置文件默认放在/usr/local/etc，其它的资源文件放在/usr /local/share，比较凌乱。而设置该选项就可以把所有文件放进指定路径，使用和卸载都更方便。

• 安装之后，为了调用方便，可以

  • 把绝对路径赋值给一个变量，然后用$变量名调用

  • alias 变量=绝对路径，这样可以不加$调用

  • 放进环境变量：echo 'export PATH=/home/user/biosoft/myBin/bin:$PATH' >> ~/.bashrc。相当于把export PATH="$PATH:绝对路径"这句话放到.bashrc的末尾。最后source ~/.bashrc使更改生效

另外的一些点

• 平时调用的ls其实不是他本来的样子，而是自动补加了选项--color=auto

• .bz2文件用tar xvfj解压（这个可以在有需求的时候google）

学习软件的用法

• 首先找到example，里面会有示例数据

• 然后看帮助文档中的usage，看多了就容易看懂

包管理工具

• 从复杂的依赖关系中解脱出来

conda

优点

• 第三方软件齐全，安装方便

• 多环境管理，避免冲突

• 不需要权限

基本命令

• 添加镜像源：conda config -add conda config --show

• 查看已有环境：conda env -info

• 搜索：conda search

• 创建新环境：conda create -n env_name -prefix python=2 bwa

• 删除环境：conda remove -n env_name -all

• conda cheatsheet

下载和安装conda

• 非常不幸，19年4月清华和中科大的镜像先后挂了，好在我有VPN，官方源下载依旧很快

• 找到下载链接，wget

• bash

• 是否加入环境变量，选择加入

使用conda

1. 添加频道（镜像）

   1. 首先执行conda config --set show_channel_urls yes，生成~/.condarc文件；

   2. 然后用vim把里面的内容替换成下面这段话：

channels:


defaults
 show_channel_urls: true
 default_channels:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
 custom_channels:
 conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

2. 搜索看看想装的软件是否可用

   1. conda search 软件名

   2. 或者在bioconda搜索来看看这个软件是否存在

3. 先搞个小环境保险 conda create -n 环境名 python=2 bwa 这一步完成了创建小环境-安装python2-安装bwa三个操作

4. 常规安装conda install 软件名，可以加-y参数，一会儿就不用确认安装了

5. 指定安装版本 conda install 软件名=版本号

6. 以后再进入这个子环境conda activate 环境名

7. 退出当前环境 conda deactivate

8. 不在安装软件的环境内，如何调用软件？软链接！ ln -s ~/miniconda3/bin/软件名 ~/.local/bin

环境变量

• 查看当前环境变量

  • env

  • export

• 显示变量值：echo $变量名

• PATH存放命令的查找路径

• HOME家目录位置

• SHELL当前使用的shell环境

• RANDOM显示随机值

• export可以创建环境变量 但如果要每次重启都保留需要修改配置文件~/.bashrc

最后，向大家隆重推荐生信技能树的一系列干货！

1. 生信技能树全球公益巡讲：https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g
2. B站公益74小时生信工程师教学视频合辑https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw
3. 招学徒https://mp.weixin.qq.com/s/KgbilzXnFjbKKunuw7NVfw