太阳沉入西边后只剩下了几缕余晖，让灰白相间的云层中透着些许酒红色。枝繁叶茂的红叶森林中，一切已经变得幽暗深邃起来。气温开始迅速下降，良子呼出的气带着淡淡的白色汽雾。她披头散发，不停地朝着太阳的方向匆匆前行，踏在她赤裸双脚下的枯枝和红叶发出嚓嚓的脆响。各种鸟儿在今天最后的余晖中拼命地鸣叫着。在这样的深秋，不一会儿，在这茂密的林子里就会什么都看不见了。
良子自己也知道，她的出逃过于仓促，过于草率，以至于她现在只穿了一件白色连衣裙，连鞋子也没有。
在卡丽斯媞学院的公共浴室里，她突然发现整个浴室只有她一个人，门外更衣室里的守卫在聊着天，根本没有注意她。位于三楼的浴室靠近学院最北的围墙，有一颗围墙外的橡树，它的树枝伸展到浴室北墙的一扇窗附近，只要跳跃的距离恰到好处，就能抓住这根粗壮的树枝，越过学院的高压电防护围墙。良子不由自主地抓住了这个机会。
现在她的理智正让她犹豫起来，她本来希望在没有人发现并追来之前，尽量往远处逃走。但她只稍微理性分析后，就知道逃走的巨大危险性。这个出逃是没有计划的，纯粹即兴和偶然，连要往哪个方向逃跑她都不知道。
她现在觉得非常冷，并且她听说林子里有一种成群结队的啮齿类动物。这种类似老鼠的生物并不是这片森林的原住民，它们来自于某个环境崩溃的污染地。老鼠正经历着基因突变，它们的新城代谢变得惊人的快，体格变得更小，但行动的速度异乎寻常的迅捷。它们适应了各种严酷的环境，吞食所有的东西，除了各种树叶，还吃树枝和树皮，甚至吞吃泥土，毒药也对它们失去了效用。它们还会围猎所有的动物，从昆虫、鸟类到落入包围圈的猎狗或人类，全都不会放过。学院的守门人称它们为“恶灵鼠”，这个世界环境崩溃后滋生的恶灵。整片森林已经受到了这个生殖力惊人鼠群的严重威胁，如果放任不管，这片古老的树林很可能会在数年内消失殆尽。对这些异变动物来说，一个无助的十五岁少女，无疑是一顿美味的加餐。
她知道这片红叶森林非常大。因为数月前，她坐着接她过来的自动飞行机械时，观察过下面的树林。自动飞行机械在这个看不到边际的森林上空飞行了将近二十分钟。就算是在白天，她也无法保证能在一天内认准方向走出去，而且也不知该如何避开那些变得越来越多的恶灵鼠。
良子孤身一人，有些害怕起来，她害怕自己会死在这里，这让她想起了姐姐临死前让她答应的誓言。
“姐姐，你放心吧，我会很快来陪你的，这个世界就快完蛋了。”
“傻子，你是我们井上家唯一剩下的人了，一定要好好活下去，过上体面的日子，这个世界还有很多好人，才不会那么容易就完蛋的。答应我，帮姐姐再看看这个世界的美好。”
姐妹俩曾经是星亚大陆东边一个岛国的岛民，与这个埃尔德行星最大的城市S市，隔了一个不到一百公里的海峡。埃尔德行星人类的生存环境在十几年前已经彻底崩溃。三年前，一次超级飓风和海啸夺走了她们的父母和弟弟的生命。当时十三岁的良子和十五岁的姐姐在海上漂浮了好几天，她们在最后关头被S市的搜救部队发现，以外国难民的身份进入了S市的难民营。
祸不单行，在难民营的第二年，她们遭遇了当时席卷S市的超级细菌感染。没有注射过纳米机械的难民无法抵抗这种超级细菌，最强力的抗生素也没有效果，她的姐姐和许多人死于肺部重度感染后的并发症。之后的两年，井上良子生活在难民营里，这段时间她变得非常阴沉抑郁，几乎不怎么说话。但难民营里的生活秩序还算井然，这让她度过了安静的两年。
直到最近，有一个S市的秃头胖富商领养了她。但这并不意味着她交上了好运。相反，这促使她下决心最终来到了卡丽斯媞学院。
富商暗中贿赂了难民营的主管，他看上了井上良子出众的相貌。快到十六岁的她艳若桃李，脸上有一种天然的妩媚，却还不失少女的纯真，身材也已经十分婀娜多姿。富商想要为自己三十多岁蠢笨的儿子买一个将来的未婚妻，而这个恶心的老头自己也对良子的姿色垂涎三尺。入门仅两个月，名义上良子是他的养女，但已经开始暗中对她动手动脚了。
井上良子出生在岛国的海上渔民之家，个性坚韧。她可以接受生活的贫穷和困苦，但无法忍受如此猥亵的欺凌。
良子在难民营时，曾经与姐姐一起通过了卡丽斯媞学院外派教官的测试，井上良子的测试分数引起了教官和学院的注意。但姐妹俩当时能厮守在一起，不想去这样一所带有神秘色彩的学院。它的创办方是实力雄厚的李斯林基金会，它持股国际医疗服务巨头：李斯林股份公司。
这所专门在难民营中招收未成年女孩的学院口碑并不好，被各种危言耸听的传言所笼罩。难民营中的许多人都说这个学院是有去无回之地，是专门培养李斯林间谍的地方。进去的孩子被基因编写，成为李斯林股份公司的工具，这些人都不会有什么好结果。但没有人确切知道学院里教的到底是什么。
教官曾给良子留下了一张带磁条的卡片。良子在S市一所李斯林银行的自动取款机上插入卡片，学院椭圆形、银色的自动飞行机械不一会儿就来了。机械在识别良子的身份后，把她就地接走。并且李斯林基金会在短短的一天内安排好了她所有留下的身后事。那个富商得到了丰厚的补偿金，足够他为他的儿子或他自己变态的性趣再挑选几个女孩。
良子就这样即兴地来到了卡丽斯媞学院。
学院在漫无边际的美丽红叶森林围绕中，一座巨大的新古典主义建筑内。建筑由高压防护围墙围住，倒不是为了防止学员出逃，因为所有的女孩子都是自愿到了这里，她们在现实生活中已经没有了其他选项，失去了立足之地。是的，五米高的高压围墙是为了防御那些恶灵鼠的。整个学院的地下空间是全封闭的混凝土，无人战斗机械每天都在外面扫荡杀戮这些老鼠，可还是制止不了这个鼠群的壮大。这些恶灵鼠很少外出行动，它们可以一直躲在很深的地洞里，靠啃食根茎，吃蚯蚓或泥土过活。它们的群体攻击行动是有目的性和组织性的，绝不盲目离开地下。
学院正面园林的中央，有一座足有五米高的纷争女神厄里斯的砂岩雕像。她正舒展着丰满的身体飞行，向天空中伸出一对巨大的翅膀，右手仿佛在空中轻柔地舞动着，左手托着一个镀金的大苹果。金苹果上用亮白的颜料醒目地刻着“καλλίστῃ”，即卡丽斯媞，意即”献给最美丽的女神“。雕像的砂岩基座上刻着：“给他们绝对的秩序，必将酿成压抑的恶果；他们需要永远地纷争，这是肉体和精神进化的欲望。“
刚进学院的一个月，良子觉得自己来到了一所疗养院。她的生活被划分得井井有条。三餐的时间是固定的，每天摄取的水份和卡路里也根据每个人的体格有严格规定。每天上午在七点的早餐后要去医务室进行一种干细胞疗法，另外接受一些注射和氧疗。随后在学院后面很大的园林中进行散步、瑜伽、平衡力和各种呼吸训练。午饭后有一小时的午睡时间。到了下午则会有一些感知训练和脑力训练，比如五官的感知敏感度、认知能力、逻辑分析、对具体情况的预判以及记忆力训练等。晚饭后，学员们可以在饭厅边上的咖啡厅内有些社交活动。除了井上良子，另外还有四名学员，她们都是孤儿。最年轻的来自埃莉萨大陆哲尔曼国的女孩只有九岁，良子是其中年龄最大的。晚上九点之后，必须熄灯上床。
良子很好地适应了这种极其规律的生活方式，并且她认识到自己身上正在发生的变化。她的感官、认知、体能、身体协调能力、记忆力和分析能力都增强了许多。最主要的，是她的思维方式正在发生变化。她的逆向思维变得比以前更发达，并且她发现可以控制自己的意识，同时思考几件不同的需要脑力的事情。她的情绪控制能力，情绪的稳定程度也增强了许多。
良子虽然还是个不到十六岁的孩子，但她经历过的风浪和艰辛对许多人来说可能都是难以跨越的坎。她现在回顾往事的时候，往往觉得那些恐怖的经历变得不像以前那么扰人了，她换了一种思维方式，让她想通了许多心结。她深切体会到了人类的渺小和无助，她想念与妈妈、爸爸、弟弟和姐姐在一起生活时的甜蜜美好，同时她彻底接受了他们的死亡。她开始变得话多起来，活泼起来，渐渐成了其他四名学员的大姐头。
接下来的两个月，她已经无需再接受那些干细胞疗法。除了继续锻炼体能和身体能力，进行脑力训练以外，所有其他的时间都在研究人性、人类的历史以及当前最新的科技知识。学院给她们服用一种植物性质的纳米机械胶囊，胶囊在体内融化后，纳米机械中存储的历史、科技知识或者社交策略的理论直达脑部的学习和记忆区。她可以在一天的时间内，学完整个埃莉萨大陆的历史。随后，植物性质的纳米机械在血液中自我衰败，最终从尿液中排出体外。
到了第四和第五个月，则学习如何判断一个人的个性、习惯和弱点，并如何通过语言、声音和策略操纵此人达到自己的目的。除此之外，她们还练习一些柔术、防身术并熟悉一些常规的武器。
第六个月，良子顺利地通过了各项测试，她离毕业只差学院的“最终考验”。这种考验，是教官根据学员的不同特点，为每个学员定制的。然后，她就要开始为李斯林股份公司服务，把她的所学用到实践中。