GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS。

Step1：打开网站https://david.ncifcrf.gov/ ，进入DAVID首页，然后点击Start Analysis；

Step2：输入所需要富集的显著差异基因的基因名，并在select identifier中选择official_gene_symbol，然后在gene type中选择type list，最后点击submit list；

Step3：由于本次分析使用的是人类癌细胞，故在list和background中的物种都选择homo sapiens，读者可根据自己研究物种的类型进行选择；

Step4：由于下游的富集分析需要使用gene ID，需要进行基因名到基因ID的转换；

下载转换后的结果；

复制转换后的ID号，为富集做准备；

Step5：把转换后的ID输入网站http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php，根据研究对象类型，进行相应选择；

选择KEGG Pathway与GO，点击Run；

得到富集结果如下：

点击任意Term，便可得到相应的pathway，下图为CELL CYCLE 的通路。

GO与KEGG富集分析，往往同时出现在不同场合，DAVID其实就可以做GO与KEGG富集分析，但相比之下，KOBAS画出的图更赏心悦目，但KOBAS不支持直接输入gene symbol ，所以我们常常联合使用DAVID和KOBAS。

除此之外，他们还有其他很多强大的功能，路漫漫其修远兮，和小博一起慢慢探索吧。

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