2019-12-20 学习记录5

BWA
bwa 是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法
BWA-backtrack
BWA-SW
BWA-MEM
BWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列；BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1M bp的序列；其中BWA-MEM是最新开发的算法，对于高质量的测序数据，其比对的速度更快，精确度更高，对于70-100bp的reads, BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时，效果比BWA-backtrack 算法的效果更好。总而言之，通常情况下，选择BWA-MEM算法就好。

安装

git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa
make

使用

bwa的使用需要两中输入文件：
Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna）
Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)

step 1: 建立 Index

根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File

bwa index -a bwtsw reference.fa

-a [is|bwtsw] : 输入构建Index的算法。is算法快速简单，是默认选项，但是不能用于基因组大于2GB的数据库。bwtsw适用于大基因组。
-p STR ：输出的数据库的前缀。默认与输入的文件名一致。

BWA-MEM

bwa mem -t 4 -M genome read1.fq read2.fq > aln-pe.sam

-t 使用的线程数
-p 若无此参数，输入文件只有1个，则进行单端比对，输出文件有两个，则作为paired reads进行比对。若加入此参数，则仅以第一个文件作为输入，该文件必须是read1.fq和read2.fq进行reads交叉的数据

BWA使用
bwa 软件用法简介