Galaxy 本地搭建一

最近要做转录组数据分析的pipeline，很是头疼，想了很多也不太清楚到底要怎么做，最近听说有个galaxy可以搭建生信分析平台，就来学习一下 ~~~~（真真是学海无涯啊。。。。）
一.简介
简介啥啥的就不说了，总之就是一个开源的可以搭建生信分析流程的框架平台，感兴趣的可以百度
官网：https://usegalaxy.org
github：https://github.com/galaxyproject/galaxy
二.安装
1.安装环境：
（1）Ubuntu/Unix/Mac OSX
（2）Python 2.7
2.下载、安装
习惯给安装的软件创建一个文件夹，我的叫做RNA_seq_software，如下图所示，下载

图片.png

注：如果已有本地克隆想要更新
$ git fetch origin && git checkout release_19.01 && git pull --ff-only origin release_19.01
注：查看最新版本
https://github.com/galaxyproject/galaxy/compare?expand=1
3.启动
（1）找到 run.sh 执行就行。第一次启动会下载安装很多依赖文件，需要很长时间，耐心等待。
sh run.sh
（2）第二次启动可以使用nohup命令让其后台一直运行。
nohup ./run.sh &
（3）启动完成后，本机浏览器网址栏输入http://localhost:8080/（localhost指的是本机的IP）
4.配置
Galaxy后续如果要进行软件安装，管理用户等操作，就必须要先要成为管理员。
（1）注册：
首先在galaxy进行注册

图片.png

注：图片来自hoptop大神
（2）修改galaxy.yml
1>复制一个文件，并重命名为galaxy.yml

图片.png

2>修改galaxy.yml

图片.png

在这个文件中，找到admin_users:'' ，将这个改成 admin_users ：'注册邮箱号'

图片.png

（3）重新启动
sh run.sh
启动成功,访问http://localhost:8080/会看见上方工具栏出现admin

图片.png

5.安装软件

图片.png

注：按照图上的顺序操作（示例是展示搜索安装signalp这个软件）

主要参考：
1.https://galaxyproject.org/admin/get-galaxy/
2.https://www.jianshu.com/p/a1f297eb4859?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg
3.https://www.jianshu.com/p/045978fe08e4

这一篇就先学到这里，下一步准备学习一下如何设置成可以网页访问以及工具栏的布局