monocle3包的安装

monocle包：单细胞RNA序列的聚类、差异表达和轨迹分析。

# if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#   install.packages("BiocManager")
# 
# BiocManager::install("monocle")

目前，bioconductor 安装的版本为 monocle2.22.0

1. 安装devtools

使用devtools可以轻松安装GitHub上的R包。

# 安装 devtools
install.packages("devtools")

library(devtools)

2. 安装依赖

初次安装 monocle3 出错。以centOS8.5 系统为例，具体可以根据提示信息安装依赖库。

yum install gdal*
ldconfig
yum install udunits2-devel
yum install proj
yum install sql*
yum install geos*

3. 安装monocle3

# 安装依赖包
BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
                       'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
                       'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'))
 

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")

library(monocle3)
packageVersion('monocle3') # monocle3版本
ls("package:monocle3")