.xyz文件的定义及读取

.xyz文件的定义

xyz是文本型文件，可以用文本编辑器打开。以下是一个典型的.xyz文件内容

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O -0.00000000 -0.00000000 0.11930801
H 0.00000000 0.75895306 -0.47723204
H -0.00000000 -0.75895306 -0.47723204

第一行是原子数；第二行是标题，内容随意；后面是各个原子的元素名以及X、Y、Z坐标
xyz文件为自由格式，即整数位和小数位随意，手写简单，记录精度高

.xyz文件的读入

def read_xyz(filename):
    """读取xyz格式文件
    参数:文件的完整路径.xyz的文件
    返回值:通道名称及其位置`在这里插入代码片`
    """
    ch_names = []
    locs = []
    with open(filename, 'r') as f:
        l = f.readline()  # header line
        while l:
            l = f.readline().strip().split("\t")
            if (l != ['']):
                ch_names.append(l[0])
                locs.append([float(l[1]), float(l[2]), float(l[3])])
            else:
                l = None
    return ch_names, np.array(locs)

open函数

open函数讲解

readline与readlines函数

readline函数：一行一行的读取文件，每次读取一行
readlines函数：一次性读取全部文件，而后使用for循环读取每一行

for line in f.readlines():
	line_temp = line.split(',')
	student_list.append(line_temp)

strip()函数

该函数将从原始字符串的开头和结尾删除给定的字符。 默认情况下,函数strip()将删除字符串开头和结尾的空格,并返回前后不带空格的相同字符串。