R、Rstudio、Rtools的下载与安装

一、R、Rtools下载

1.R下载

官网：https://www.r-project.org/

进入官网，点击Download下的CRAN或者downloadR

点击清华大学镜像地址

选择相应系统

点击base和Rtools会分别进入R基本下载和Rtools工具下载页面

2.Rtools下载

二、Rsudio下载

官网：https://www.rstudio.com/

点击DOWNLOAD

选择FREE版即可

三、配置

1.配置Rtools路径

（1）创建路径配置文件.Renviron
进入R Studio里，运行以下代码

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

没有出错就直接看步骤（2）

（2）关闭R Studio，重新打开

（3） 测试路径配置是否成功
运行 Sys.which("make") 这段代码，看输出是不是类似"C:\rtools40\usr\bin\make.exe"，具体因rtools安装路径而异，只要输出不是空字符串就行，表明路径配置成功。

2.镜像配置

在Rstudio里点击Tools——Global Options——Packages——Change，选择一个国内的镜像即可。

3.R版本选择

在Rstudio里点击Tools——Global Options——General——Change，选择已下载的需要使用的R版本。

四、常用R包的下载

安装R包

update.packages()

if(!require("xlsx")) install.packages("xlsx")
if(!require("tidyr")) install.packages("tidyr")
if(!require("dplyr")) install.packages("dplyr")
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(!require("data.table")) install.packages("data.table")
if(!require("ggrepel")) install.packages("ggrepel")
if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")

安装Bioconductor上的R包

BiocManager::install()

if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")
if(!require("clusterProfiler")) BiocManager::install("clusterProfiler")

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