【JCVI-MCScanX】安装与使用
LAST依赖库安装
方法1：手动下载-自行编译
# 这部分如果没有注册过GitLab账号，可以看这篇文章【如何从GitLab克隆项目到本地？】
git clone [email protected]:mcfrith/last.git
cd last
# 创建安装目录
mkdir ../last-2022-5-1
# 编译
make
# 安装到给定目录
make install prefix=~/biosoft/last-2022-5-1
echo 'PATH=~/biosoft/last-2022-5-1/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
# cd ../ && rm -rf last
方法2：conda安装
conda install -y -n jcvi -c bioconda last
Python版 MCScanX安装
conda create -n jcvi -c bioconda jcvi
codna activate jcvi
初次调用jcvi需要输入JGI的账号和密码：
python -m jcvi.apps.fetch phytozome
Phytozome Login: xxxxxxxx
Phytozome Password:
软件使用
1、从Phytozome上下载物种的fasta序列和gff文件 & 格式转换
# 以葡萄和梨为例
python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica
# 将gff文件转换为bed文件
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Vvinifera_145_Genoscope.12X.gene.gff3.gz -o grape.bed
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_298_v2.1.gene.gff3.gz -o peach.bed
# haibaotang老师，同样对下载的原始CDS序列进行reformat
python -m jcvi.formats.fasta format Vvinifera_145_Genoscope.12X.cds.fa.gz grape.cds
python -m jcvi.formats.fasta format Ppersica_298_v2.1.cds.fa.gz peach.cds
2、共线性分析
nohup python -m jcvi.compara.catalog ortholog --no_strip_names grape peach &
# 结果文件：grape.peach.pdf
# 不加--no_strip_names这个参数，仍旧会出现挂载不上的错误，如下：
# A total of 0 anchor was found. Aborted
一些可尝试的测试：
# 测试共线性的关系，是否为1:1
python -m jcvi.compara.synteny depth --histogram grape.peach.anchors
# 结果文件：grape.peach.depth.pdf
3、结果可视化
simple文件的生成：
python -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple grape.peach.anchors grape.peach.anchors.new
配置绘制信息：
vim seqids
# 将下列内容添加到seqids
chr1,chr2,chr3,chr4,chr5,chr6,chr7,chr8,chr9,chr10,chr11,chr12,chr13,chr14,chr15,chr16,chr17,chr18,chr19
Pp01,Pp02,Pp03,Pp04,Pp05,Pp06,Pp07,Pp08
# 配置画布 & 使用数据信息
vim layout
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va, bed
.6, .1, .8, 0, , Grape, top, grape.bed
.4, .1, .8, 0, , Peach, top, peach.bed
# edges
e, 0, 1, grape.peach.anchors.simple
绘图：
python -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout
测试图展示：
额外
为什么自行编译了last之后，还是会出现报错A total of 0 anchor was found. Aborted？
需添加参数：--no_strip_names
后话
我使用的是中科大的镜像，而不是清华的，清华的总是卡在Solving Environments这一步。
JCVI，安装过程中，出现了很多问题，翻了很多issues才找到对应的解决方案。
最终也只是跑了一个结果出来，还有很多方面可以深入学习：多个物种间的共线性分析、layout参数调整等，还有很多需要学习。
参考资料
[1] https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) [2] https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/99
写完这篇文章，发现Python版的MCScanX有很多人已经写过了，那我就整理起来吧。
[1] https://www.jianshu.com/p/4b1b14f8c4c4
[2] https://www.jianshu.com/p/39448b970287?utm_source=desktop&utm_medium=timeline&tdsourcetag=s_pctim_aiomsg
[3] https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/109238554
[4] https://www.jianshu.com/p/6f1a191a0c3a