安装GeoMol环境

原文

GeoMol: Torsional Geometric Generation of Molecular 3D Conformer Ensembles

https://github.com/PattanaikL/GeoMol

电脑参数

nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver

Copyright (c) 2005-2019 NVIDIA Corporation

Cuda compilation tools, release 10.2

Method1:按作者给的方法安装（依赖包必须大部分和作者使用的依赖包版本一致才可以，后续会有各种冲突bug，不建议使用该方法）

1. 下载作者的安装包

git clone https://github.com/PattanaikL/GeoMol.git

在安装包下载的目录下，run make conda_env 安装依赖包

Method2:手动依次安装github上列出的依赖包

注意：安装最新版本的pytorch 和 pyg，和作者的脚本会有冲突，建议针对pytorch和pyg单独安装版本。

（1）安装pytorch 1.7.0（作者用的版本，避免之后冲突最好装一样的版本）（要根据自己的cuda版本找到对应的安装command，Previous PyTorch Versions | PyTorch）

（2）安装对应版本的pyg（torch-geometric）

 要点：torch版本和cuda版本要对应。可以在官网(https://data.pyg.org/whl/)找到对应的依赖包scatter/cluster/sparse etc. 的对应版本。然后按以下command依次安装。先依次安装对应版本的sccatter/sparse/cluster etc pyg的依赖包，最后安装pyg。

pip install torch-scatter==2.0.7 -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu102/torch_scatter-2.0.7-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

 pip install torch-sparse==0.6.10 -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu102/torch_sparse-0.6.10-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

 pip install torch-cluster==1.5.9 -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu102/torch_cluster-1.5.9-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

 pip install torch-spline-conv==1.2.1 -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu102/torch_spline_conv-1.2.1-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

pip install torch-geometric==1.7.2

(3) 安装剩下的包

conda install -c rdkit rdkit=2020.03.2

pip install networkx==2.5.1

pip install Pot==0.7.0

之后就直接跑代码即可，跑代码的过程中，遇到缺的小package，提示“no mudule name …”,挨个按提示安即可。

Method3:使用作者在讨论区给出的requirements.txt进行安装(https://github.com/PattanaikL/GeoMol/issues/9)