python——nibabel包的使用

NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写，如.nii格式。

Nibabel的安装

pip install nibabel

• 图像的加载

example_filename = os.path.join(data_path, 'example.nii.gz')
img = nib.load(example_filename)

• 图像的查看

img.shape
(611, 512, 512)

• 图像的获取

img.get_data()

• 图像进行仿射变换

img.affine.shape
(4, 4)

• 图像保存

#写法1
img.to_filename(os.path.join('output', 'test.nii.gz')
#写法2
nib.save(img, os.path.join('output', 'test.nii.gz')