nibabel

3DUnet实现3D医学影像的有效分割

安装环境为：nibabel>=4.0.1numpy>=1.23.0#torch>=1.12.0
Andrew_Xzw·2025-01-18 13:49

几种读nii图像方法的轴序比较

读.nii/.nii.gz图像并转成numpy可用medpy.io、nibabel、itk、SimpleITK几种方法，然而几种方法读出来的轴序有出入，本篇比较此几种方法。
HackerTom·2024-01-05 00:51

医学图像 ABIDE 等数据集 .nii.gz Python格式化显示

要在Python中查看.nii.gz文件，你可以使用一些专门的库，如Nibabel（NiBabel是用于读取和写入神经影像数据的Python库）和SimpleI
zoe_ya·2023-11-29 18:02

matlab中ct值直方图,【CT值与灰度值的总结】

就要看你具体是要处理哪种格式的文件了，是DICOM还是NIFTI；文件格式不同，用来做解析的Python库也就不同，譬如，要处理DICOM类型的数据，一般会用simpleitk,pydicom库；而NIFTI类型的数据更多使用Nibabel
weixin_39637589·2023-10-17 19:55

将医学图像.dcm格式与.nii.gz格式进行一些处理

介绍.dcm文件是一种医学上用于存储CT、核磁共振等成像方式得到的患者器官图像的文件格式.nii.gz是通过标注软件导出的3D标签(可以看作一个np数组)我们通过pydicom和nibabel这两个包来辅助我们进行操作读取
Andy in boots·2023-08-15 15:48

medical image常用工具

pythonpydicomnibabelsimpleitkantspyfslpyRAntsRfslrmatlabNIfTIstisuiteshellfslANTsdcm2niixANTspy,Nibabel
yohn·2023-08-07 07:03

医学图像处理（一）

1.HWC转换成CHW，SimpleITK和Nibabel的区别：SimpleITK加载数据是channel_first，即（155，240，240）；Nibabel是channel_last，即（240
抹茶生活·2023-07-17 23:59

医学影像常用Python包

一、图像操作类医学影像往往需要操作的图像种类较多，类似于nii图像，dicom图像等，传统的工具为SimpleITK，NiBabel，目前也有很多集成的工具，便于深度学习模型的使用和调优。
Joker 007·2023-07-16 23:08

使用Workbench对基于BNA246模板的统计结果进行surface可视化

画出来脑区上还动不动出现黑边...需要一款替代软件HWJ师兄推荐并教会了我了一款替代BNV的跨平台软件：HCP的Workbench（注意还是无须matlab的）谢谢师兄~这里简单做个笔记*需要Python以及numpy和nibabel
Lairai·2023-02-19 03:33

使用Unet进行脊柱分割爬坑记录

10.30成功debugg，记录一下使用Unet网络训练自己的脊柱分割网络首先准备训练集，一开始这个数据集是用github上的一个完整的代码进行处理的，下载下来的数据集是nii.gz格式，先解压缩，然后用nibabel
黑夜里游荡·2023-01-17 11:15

【无标题】

一些心得：一般用pip安装库更好，用conda会很慢，经常卡在solvingenvironment上面monai需要附加安装nibabel等库，否则无法读取图片conda加上清华源代码condaconfig
weixin_43528746·2023-01-17 09:35

Python第三方库之nibabel

文章目录1.nibabel简介2.nibabel安装及导入3.nibabel常用函数和属性3.1`nibabel.load(filename,**kwargs)`3.2`nibabel.nifti1.Nifti1Image.get_fdata
Albert Darren·2023-01-10 17:00

DICOM图像坐标系和病人坐标系的相互转换

本代码是https://nipy.org/nibabel/dicom/dicom_orientation.html#dicom-slice-affine的实现，关于两个坐标系的描述，可参考：https:
pangsmao·2023-01-10 17:30

Nifti1Image 初始化nifti 图像数据

Nifti1Imageclassnibabel.nifti1.Nifti1Image(dataobj,affine,header=None,extra=None,file_map=None)Bases:nibabel.nifti1
Jack千斤顶·2023-01-10 17:59

python 笔记：打开nii格式（nibabel 库）

1nii格式介绍1.0Analyze格式在解释NII（NIFTI，neuroimaginginformationtechnologyinitiative）格式之前，我们需要先知道一下Analyze格式。每一个Analyze格式的数据包含了两个文件：带有二进制图像信息的.img，包含图像元数据的头文件.hdr但是，Analyze的头文件不能很真实地反应元数据（比如没有方向信息，eg在左边还是在右边）
UQI-LIUWJ·2023-01-10 17:58

利用Nibabel载入示例图片,并进行图像切片

nibabel是一个可以读取和处理.nii格式图像的python库1.利用Nibabel载入示例图片importosimportnumpyasnpimportnibabelasnib#载入模块fromnibabel.testingimportdata_pathexample_file
云端浅蓝·2023-01-10 17:58

Nifti1Image需要掌握的一些点

Nifti1Image图像可以用nibabel或者SimpleITK来读。
Never_Jiao·2023-01-10 17:28

MONAI教程＜1＞-安装

MONAI的安装非常简单，常用的有两种方法：直接pipinstallmonai从GitHub上安装monai是通常配合其他库一起使用的，比如pytorch,nibabel,skimage,pillow等等
Tina姐·2023-01-01 17:24

python怎么保存为nii文件_python处理nii文件

第一步安装nibabel，可以使用命令：pipinstallnibabel之后：fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dasosdimportnibabelasnibfilename
weixin_39709674·2022-11-27 22:02

python读取hdr格式的医学图片

使用nibabel读取，然后用simpleitk保存为nii文件importnibabelasnibimportSimpleITKasitkimg_path=...save_path=...img=nib
Lwang2018·2022-11-27 22:31

python3环境下“No module named nibabel”的解决办法

解决办法一、问题目前，尝试着通过python读取医学三维图像nrrd格式，运行代码，出现的错误如下importnibabelasnibModuleNotFoundError:Nomodulenamed'nibabel
Expected future·2022-11-26 03:59

读取和保存nifti图像之nibabel与SimpleITK的区别

nibabel读取.nii或.nii.gzimportnibabelasnibfile_path='/home/...
qq_41663215·2022-11-26 03:59

anaconda 安装 nibabel

anaconda安装nibabel直接使用condainstallnibabel是没法安装的，查阅官网(https://anaconda.org/conda-forge/nibabel）可知，应当运行以下四个命令中的任意一个即可
swy_swy_swy·2022-11-26 03:59

python——nibabel包的使用

NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写，如.nii格式。
夏天的欢·2022-11-26 03:58

【5】nibabel三维显示

【1】参考代码#!/usr/bin/envpython#-*-encoding:utf-8-*-'''@File:test8.py@Time:2021/04/3016:53:05@Author:JianSong@Contact:[email protected]@Desc:None'''#hereputtheimportlibimportmatplotlibmatplotlib.use('TkAg
Johnnay_Song·2022-11-26 03:28

conda安装nibabel命令

使用pip安装nibabel包时出错（pipinstallnibabel)可以在conda官网查命令：https://anaconda.org/conda-forge/nibabel任意一个命令：condainstall-cconda-forgenibabelcondainstall-cconda-forge
Carmenliang·2022-11-26 03:28

【记录】python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
脆鲨Nana7mi·2022-11-26 03:58

医学图像处理-安装nibabel包命令

医学图像处理-安装nibabel包命令问题与解决方案问题与解决方案直接使用pipinstallnibabel出现如下报错：尝试使用conda命令安装，conda官网查命令：condainstall-cconda-forgenibabelcondainstall-cconda-forge
吃胡萝卜的兔酱·2022-11-26 03:58

nii格式头文件信息

第一步安装nibabel，可以使用命令：pipinstallnibabel之后：fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dasosdimportnibabelasnibfilename
qq_46511579·2022-11-22 04:43

Python处理.nii文件

在神经网络处理过程中，需要安装一个Nibabel的包，用来处理该格式的图像。
interesting233333·2022-11-22 04:59

Python CT图像预处理——nii格式读取、重采样、窗宽窗位设置

文章目录nii格式CT数据读取读写nii格式文件查看重采样窗宽窗位设置方法一：手动设置窗宽窗位方法二：nii格式CT数据读取遇到nii格式的CT数据，可以通过nibabel包进行数据的读、写、查看等操作
森尼嫩豆腐·2022-11-22 04:18

nibabel和SimpleITK对NIFTI文件的读取和保存

ITKsnap的读取原始图片：KiTSdataLiTSdata读取和保存NIFTI文件importnibabelasnib#nib.save(img,os.path.join('output','test.nii.gz')importSimpleITKassitkimportoskits_ct="../case_00000/imaging.nii.gz"kits_seg="../case_0000
HuiYu-Li·2020-09-11 20:11

mha.文件和nii文件的读取与写入应注意的问题spacing

用到的包主要有两种*SimpleITK***和***nibabel***其中SimpleITK两种格式的数据均可读取，代码图下。
长风破浪时·2020-09-11 20:35

python读取.nii.gz文件并使用nibabel展示医学图片

数据集：Brats2019数据集importnibabelasnibfromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dexample_filename=r'\HGG\BraTS19_2013_2_1\BraTS19_2013_2_1_t1ce.nii.gz'img=nib.load(example_filename)OrthoSlicer3D(img.dataobj).s
wyy小可爱·2020-09-11 20:49

NiBabel 使用

NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写。
疯狂的小猪oO·2020-09-11 20:11

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
小鹿学长·2020-09-11 20:45

SimpleITK 和 Nibabel 读取 nii 数据

#使用nibabelimportnibabelasnibimportmatplotlib.pyplotaspltdefread_data(path):image_data=nib.load(path).get_data()returnimage_datadefshow_img(ori_img):plt.imshow(ori_img[:,:,30],cmap='gray')#channel_last
Lwang2018·2020-09-11 20:06

[医学图像预处理1]使用nibabel和SimpleITK读取处理Nifiti文件(MRI图像)

brainder.org/2012/09/23/the-nifti-file-format/https://blog.csdn.net/DoronLee/article/details/785978682.使用nibabel
gefeng1209·2020-09-11 19:27

nibabel库 - 初步

我的目的主要是利用nibabel这个库来处理一些NIFTI格式的医学方面的数据。
Pierce_KK·2020-09-11 19:19

python 读取并显示 .nii格式文件(nibabel库）

pipinstallnibabelimportnibabelasnibimportskimage.ioasioimportnumpyasnpimg=nib.load('1.nii')img_arr=img.get_fdata()img_arr=np.squeeze(img_arr)io.imshow(img_arr)
PKnotnull·2020-09-11 19:18

【CT值与灰度值的总结】

就要看你具体是要处理哪种格式的文件了，是DICOM还是NIFTI；文件格式不同，用来做解析的Python库也就不同，譬如，要处理DICOM类型的数据，一般会用simpleitk,pydicom库；而NIFTI类型的数据更多使用Nibabel
Pierce_KK·2020-08-17 20:59

import openslide时报 WinErr127的解决过程

操作的步骤是这样的：1.安装了nibabel库，用pip装的，装好后，nii文件可以载入，并可以用pyplot按slice读出来，并显示。2.继续跑了一次我的WSI数据处理，
老笨妞·2020-08-17 13:02

【python】SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据（2D显示）

SimpleITK和Nibabel的区别：SimpleITK加载数据是channel_first，即（155，240，240）；Nibabel是channel_last，即（240，240，155），其中
peanut。·2020-07-06 03:28

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
·2020-07-01 12:40

使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取，但是这里暂时只学习Nibabel这个库，后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。
·2020-07-01 12:04

nii图像保存成png格式（Ubuntu+python）

格式的方法：https://blog.csdn.net/weixin_43330946/article/details/89576759系统：Ubuntu16.04软件：python3.5先用pip安装nibabel
无宠不惊过一生·2020-06-29 08:03

python处理nii文件

第一步安装nibabel，可以使用命令：pipinstallnibabel之后：fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dasosdimportnibabelasnibfilename
回忆瞬间·2020-06-24 08:00

Pyqt5 使用QGraphicsView 显示图片

需要使用Pyqt5来显示MRI图片（240*240*155）的三视图，使用三个QGraphicsView显示，在实现过程中发现几个问题：1、先使用Nibabel读入图像数组，拆成三个维度的图像，再使用depth_image
chen499093551·2020-06-22 21:44

Ubuntu+python将nii图像保存成png格式

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法：https://www.jb51.net/article/165692.htm系统：Ubuntu16.04软件：python3.5先用pip安装nibabel
无宠不惊过一生·2019-07-18 15:55

pip不能安装、升级、卸载软件问题

例如想要升级nibabel时使用命令：sudopipinstall--upgradenibabel报错：Cannotuninstall‘nibabel’.Itisadistutilsinstalledprojectandthuswecannotaccuratelydeterminewhichfilesbelongtoitwhichwouldleadtoonlyapartialuninstall
jiangjiane·2018-05-11 20:19
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