R语言绘制热图（pheatmap包）

前言

**热图（Heatmap）**是一种使用颜色来可视化矩阵值的数据可视化工具，目前在各大领域有广泛的应用。本期介绍用R语言pheatmap包绘制热图。使用R自带的数据集mtcars，用热图可视化其变量间的相关关系。

第一步：加载安装包

library(psych)
library(pheatmap)

第二步：导入数据集

mtcars     #R自带数据集

第三步：构建相关关系矩阵

data_corr <- corr.test(mtcars, method="pearson", adjust="none")
data_r <- data_corr$r          # 相关系数
data_p <- data_corr$p          # p值

第四步：绘制热图

# 默认情况（具有聚类功能）
heatmap_pic_origin <- pheatmap(data_r)

# 标有显著性的热图
getSig <- function(dc) {
  sc <- ''
  if (dc < 0.001) sc <- '***'
  else if (dc < 0.01) sc <- '**'
  else if (dc < 0.05) sc <- '*'
  sc
}  

sig_mat <- matrix(sapply(data_p, getSig), nrow=nrow(data_p))
heatmap_pic_new <- pheatmap(data_r,cellwidth = 45,cellheight = 30, cluster_row = F,cluster_col = F,angle_col=0, display_numbers=sig_mat, fontsize_number=15)

第五步：保存热图

png(filename = "C:/Users/w/Desktop/mtcars.png",width = 2500,height = 2000,res = 300)  
heatmap_pic_new
dev.off()

若需美化，请再调整pheatmap函数参数，具体参数见R里的help功能。