RiceENCODE：水稻多元表观基因组数据库

水稻是我国重要的粮食作物，也是生物学研究的重要模式植物。水稻基因组DNA顺式调控元件的注释和鉴定，对理解水稻基因表达调控机理有重要意义。本研究整合了一个水稻多元表观基因组的数据库。

可访问地址：

https://www.nature.com/articles/s41467-020-16457-5

图1 水稻DNA调控元件数据库RiceENCODE的框架结构

该数据库收集了包括ChIP-seq, ATAC-seq, MNase-seq, FAIRE-seq, BS-seq, RNA-seq, ncRNA-seq, Hi-C和ChIA-PET 等共计972套水稻高通量组学数据，通过标准化的数据处理流程，得到多维度高质量表观和三维基因组数据。展示了水稻不同类型的染色质调控元件，立体地呈现了水稻品种和组织间复杂的基因表达调控关系。

在搜索页面，用户可在数据库的基因组浏览器中查看不同品种、多种组织的表观基因组数据。可根据需求，选择不同类型表观基因组数据，查询目标区域或目标基因的表观修饰信息，并且这些数据文件都可下载。另外，该数据库还可以提供水稻三维基因组数据，用户不仅可以查询目标区间参与的所有染色质远程交互信息，还可查询两两基因之间拥有的多层级交互基因网络，为水稻多基因之间共转录、共调控提供参考。

图2 水稻的染色质交互远程网络

总之，该数据库全面展示了多维度水稻表观基因组数据，涵盖了不同品系水稻、不同组织间的表观基因组动态变化模式，将方便研究人员查询和分析水稻的表观遗传信息，促进水稻表观和三维基因组研究。

参考文献：

RiceENCODE: a comprehensive epigenomic database as rice Encyclopedia of

DNA Elements