科学配色作图——R包ggsci

ggsci包

ggsci是ggplot的主题包，它提供一系列高质量的调色板，其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可以作为ggplot2 + scales类函数使用,为创作高质量论文作图提供基础。

使用方法

scale_color_palname()
scale_fill_palname()
使用的时候将palname替换为调色板的名称即可,具体的调色板方法有19种,目录如下：

Name	Scales	Palette Types	Palette Generator
NPG	scale_color_npg() scale_fill_npg()	“nrc”	pal_npg()
AAAS	scale_color_aaas() scale_fill_aaas()	“default”	pal_aaas()
NEJM	scale_color_nejm() scale_fill_nejm()	“default”	pal_nejm()
Lancet	scale_color_lancet() scale_fill_lancet()	“lanonc”	pal_lancet()
JAMA	scale_color_jama() scale_fill_jama()	“default”	pal_jama()
JCO	scale_color_jco() scale_fill_jco()	“default”	pal_jco()
UCSCGB	scale_color_ucscgb() scale_fill_ucscgb()	“default”	pal_ucscgb()
D3	scale_color_d3() scale_fill_d3()	“category10” “category20” “category20b” “category20c”	pal_d3()
LocusZoom	scale_color_locuszoom() scale_fill_locuszoom()	“default”	pal_locuszoom()
IGV	scale_color_igv() scale_fill_igv()	“default” “alternating”	pal_igv()
COSMIC	scale_color_cosmic() scale_fill_cosmic()	“hallmarks_light” “hallmarks_dark” “signature_substitutions”	pal_cosmic()
UChicago	scale_color_uchicago() scale_fill_uchicago()	“default” “light” “dark”	pal_uchicago()
Star Trek	scale_color_startrek() scale_fill_startrek()	“uniform”	pal_startrek()
Tron Legacy	scale_color_tron() scale_fill_tron()	“legacy”	pal_tron()
Futurama	scale_color_futurama() scale_fill_futurama()	“planetexpress”	pal_futurama()
Rick and Morty	scale_color_rickandmorty() scale_fill_rickandmorty()	“schwifty”	pal_rickandmorty()
The Simpsons	scale_color_simpsons() scale_fill_simpsons()	“springfield”	pal_simpsons()
GSEA	scale_color_gsea() scale_fill_gsea()	“default”	pal_gsea()
Material Design	scale_color_material() scale_fill_material()	“red” “pink” “purple” “deep-purple” “indigo” “blue” “light-blue” “cyan” “teal” “green” “light-green” “lime” “yellow” “amber” “orange” “deep-orange” “brown” “grey” “blue-grey”	pal_material()

代码实现

####程序包准备
# install.packages('gridExtra')
# install.packages('ggsci')
# install.packages('ggplot2')
library(ggsci)   ##调色板
library(ggplot2)  ## 画图
##library(gridExtra)
data("diamonds") ## 钻石数据
##利用ggplot2作图
(p1 <- ggplot(
  subset(diamonds, carat >= 2.2),
  aes(x = table, y = price, colour = cut)) +
  geom_point(alpha = 0.7) +
  geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1)+
  labs(x='切工桌面table',y='钻石价格price',title='切工桌面与钻石价格的关系')+
  theme_bw())
(p2 <- ggplot(
  subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70),
  aes(x = depth, fill = cut)) +
  geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +
  labs(x='深度depth',y='切割质量程度的钻石数',title='切割深度与质量分布情况') +
  theme_bw())

(p1_npg <- p1 + scale_color_NPG())
(p2_npg <- p2 + scale_fill_NPG())

本例子仅是基于NPG调色方案做出的效果图，如果对高级调色方案感兴趣的小伙伴，可以尝试下其他十几种方案进行上色，看看是不是比ggplot作图更加惊艳，让你的SCI论文更加出彩！