卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM

advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM

提示:本系列课程的目录
第一章 基本介绍与DICOM
第二章 SPM预处理与batch
第三章 SPM batch修改
第四章 group ICA与 Q&A
第五章 seed-based 功能性连接
第六章 复杂网络连接


文章目录

  • advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM
  • 前言
  • 一、Rs-fMRI Analyses
  • 二、DICOM fomat 转换
    • 1.DICOM 简介
    • 2. DICOM转换


前言

我个人非常喜欢卢家峰老师的课程,他的课程非常完善,从基本原理到实操都能很深入浅出的讲解。在他的个人网站上,能几乎学习到所有关于MRI的知识。包括MRI的物理学原理,临床应用,VBM处理,task-fmri & rs-fmri处理,以及现在很火的ML和DL。在学习了各种教学课程之后,发现还是跟着卢家峰老师学习,更能从宏观和细节上把控整个处理流程。所以在此记录一下自己的学习路线,为以后复习相关知识提供便利。

*但因为老师的许多课程都是很多年前录制的,用的spm版本或者其他toolbox版本与现在不一样,所以在记录的时候以当下最新的版本为主。


一、Rs-fMRI Analyses

rs-fmri也称之为model-free (data- driven) analysis。

function integration & functional segregation
卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM_第1张图片
需要用到的toolbox
卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM_第2张图片

二、DICOM fomat 转换

1.DICOM 简介

Digital Imaging and COmmunication in Medicine =DICOM
“the common language of medical equipment”
DICOM资料包含了病人信息(header)+影像资料(image data)

header中还包含了在分析数据时需要用到的影像参数:
卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM_第3张图片

如何查看header信息:
在mricro(mricron中的操作待摸索,目前新版的mricro似乎只在mac OX中能下载)中拖入DICOM(*ima)文件
1.import–Display/hide foregin header
2.快捷键control+D
就可以显示DICOM文件中的header信息
*MAC中的MRIcro无法读取.ima文件
*windows中的mricron和mricrongl暂不知如何实现此功能

*DICOM的header信息也可以被改写(如为了保护病人隐私改掉姓名),但非必要时不要改写,以免在后续处理时出现不必要的麻烦。

2. DICOM转换

DICOM fomat (常见 .ima) – 转换成 NIfTI (.nii) or Analyze75 (*.hdr, *.img)

DICOM import
卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM_第4张图片
1.设置路径——将spm12包(课程用的是spm8)添加
2.matlab当前工作路径设置为data文件夹
3.DICOM import ——全选T1中的.ima文件
4.output的路径设置为当前DICOM文件所在的文件夹
完成后形成一个hdr文件(主要是header信息) 和一个img文件 (影像)

*如果是functional文件的转档,每一个时间点的ima文件会生成一组hdr和img格式文件

*在spm12中 output image format中可以选择转换成Sigle file(nii)NIfTI 或者Two file(img+hdr)NIfTI格式。课程中老师转换后是后者,但是spm12默认的是前者。两者的区别老师似乎没有具体讲解,但在后续处理中应该不会有太大的差别。

用spm display ima文件(图为T1的img)
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