卢家峰课程系列-- advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM

advanced rs-fmri analysis 1/6 基本介绍与DICOM

提示：本系列课程的目录
第一章 基本介绍与DICOM
第二章 SPM预处理与batch
第三章 SPM batch修改
第四章 group ICA与 Q&A
第五章 seed-based 功能性连接
第六章 复杂网络连接

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前言

我个人非常喜欢卢家峰老师的课程，他的课程非常完善，从基本原理到实操都能很深入浅出的讲解。在他的个人网站上，能几乎学习到所有关于MRI的知识。包括MRI的物理学原理，临床应用，VBM处理，task-fmri & rs-fmri处理，以及现在很火的ML和DL。在学习了各种教学课程之后，发现还是跟着卢家峰老师学习，更能从宏观和细节上把控整个处理流程。所以在此记录一下自己的学习路线，为以后复习相关知识提供便利。

*但因为老师的许多课程都是很多年前录制的，用的spm版本或者其他toolbox版本与现在不一样，所以在记录的时候以当下最新的版本为主。

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一、Rs-fMRI Analyses

rs-fmri也称之为model-free (data- driven) analysis。

function integration & functional segregation

需要用到的toolbox

二、DICOM fomat 转换

1.DICOM 简介

Digital Imaging and COmmunication in Medicine =DICOM
“the common language of medical equipment”
DICOM资料包含了病人信息（header）+影像资料（image data）

header中还包含了在分析数据时需要用到的影像参数：

如何查看header信息：
在mricro（mricron中的操作待摸索，目前新版的mricro似乎只在mac OX中能下载）中拖入DICOM(*ima)文件
1.import–Display/hide foregin header
2.快捷键control+D
就可以显示DICOM文件中的header信息
*MAC中的MRIcro无法读取.ima文件
*windows中的mricron和mricrongl暂不知如何实现此功能

*DICOM的header信息也可以被改写（如为了保护病人隐私改掉姓名），但非必要时不要改写，以免在后续处理时出现不必要的麻烦。

2. DICOM转换

DICOM fomat (常见 .ima) – 转换成 NIfTI (.nii) or Analyze75 (*.hdr, *.img)

DICOM import

1.设置路径——将spm12包（课程用的是spm8）添加
2.matlab当前工作路径设置为data文件夹
3.DICOM import ——全选T1中的.ima文件
4.output的路径设置为当前DICOM文件所在的文件夹
完成后形成一个hdr文件（主要是header信息） 和一个img文件 （影像）

*如果是functional文件的转档，每一个时间点的ima文件会生成一组hdr和img格式文件

*在spm12中 output image format中可以选择转换成Sigle file（nii）NIfTI 或者Two file（img+hdr）NIfTI格式。课程中老师转换后是后者，但是spm12默认的是前者。两者的区别老师似乎没有具体讲解，但在后续处理中应该不会有太大的差别。

用spm display ima文件（图为T1的img）

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