R语言绘制热图

嘿嘿，前面小编给大家介绍了如何用R绘制韦恩图、花瓣图、饼图、圆环图等等，有木有发现R画起图来十分好用，基本很多统计图它都能够画出来，功能实在是太强大啦！

今天小编要给大家分享的是用pheatmap包来绘制两组变量相关关系的简单热图，赶快使用起来吧！

数据长这样：
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热图绘制

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​1.安装和加载pheatmap包；

install.packages(“pheatmap”) #安装pheatmap包
install.packages(“(ggplot2”) #安装ggplot2包
library(pheatmap) #加载pheatmap包
library((ggplot2) #加载ggplot2包

2.读取数据；

data <- read.table("table1.txt",  # 读取的数据文件名称，这里文件是放在工作目录下
                   header=T, # 数据集第一行为变量名
                   row.names=1, # 第一列为行名
                   sep="\t") # 指定分隔符号
dim(data) # 查看变量有多少行多少列
head(data) # 查看数据集前几行

3.绘制热图；

p <- pheatmap(data) #对其进行标准化

4.调整图形外观；

p <- pheatmap(data, scale="row")
#图形外观的调整，设置边框为白色，去掉横向、纵向聚类;分别指定横向和纵向字体大小，使用fontsize_row和fontsize_col参数设置

5.调整聚类形式；

p<-pheatmap(data,scale = "row",border="white",cluster_cols = F,cluster_rows = F,
            show_rownames = T,#现实横纵坐标id
            show_colnames = T,
            legend = T,#显示图例
            fontsize_row = 12,#分别设置横向和纵向字体大小
            fontsize_col = 16)
#调整聚类方法：调整聚类的方法，使用clustering_method参数指定；设置聚类的距离类型，使用clustering_distance_rows参数指定
#使用clustering_distance_rows参数指定，分为如下几类：correlation，euclidean，maximum，manhattan，canberra，binary，minkowski
#使用clustering_method参数指定，可选有'ward', 'ward.D', 'ward.D2', 'single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'

p<-pheatmap(data,scale = "row",
            border="white",
            cluster_cols = T,#显示横向纵向聚类
            cluster_rows = T,
            clustering_distance_rows = "correlation",#设置聚类的距离类型
            clustering_method = "single",#设置聚类方法
            treeheight_row = 45,#分别设置横向纵向聚类树高
            treeheight_col = 50)

好啦，今天给大家分享这么多。

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