3D Slicer简单三维重建

前言

本文章使用3D Slicer对输入数据进行三维重建，结合别人的经验以及自己的摸索，写成这一篇文章，只是简单的记录一下自己做过的事情，并没有多少深入的去研究，对一些东西可能理解的不够好，希望读这篇文章的人能够谅解，不喜勿喷。

参考资料

CT图片三维重建方法之3DSlicer篇
临床影像实践
B站视频–血肿及中线测量

补充说明

获取切片的间距，这里我用的是python的代码来实现的，所用的图片是使用LITS数据集由NII文件转为png图片来实现的，NII转PNG图片在我的博客另外一篇文章里面有，这里获取切片间距信息的代码如下：

"""

查看数据轴向spacing分布
"""

import os
import sys
sys.path.append(os.path.split(sys.path[0])[0])

from tqdm import tqdm
import SimpleITK as sitk

import parameter as para

ct_path = r'G:\Python\liversegment\ImageResource\ImageTraning\data'
spacing_list = []

for file in os.listdir(ct_path):

    ct = sitk.ReadImage(os.path.join(ct_path, file), sitk.sitkInt16)
    temp = ct.GetSpacing()[-1]  # 关键语句

    print('-----------------')
    print(file+'         '+str(temp))

    spacing_list.append(temp)

print('mean:', sum(spacing_list) / len(spacing_list))

spacing_list.sort()
print(spacing_list)

# 训练集中的平均spacing是1.59mm
# 测试集中的数据的spacing都是1mm

按照参考的文章中的第一篇文章基本可以把数据导入成功，但是在测量的时候，我愣是没有找到在哪里能看见测量距离的大小，最后在第二个板块的3D视角看到了，如下图所示：

模型重建

按照第一篇文章的做法，不知道是不是我操作不当的原因还是什么，保存的数据再导入的时候，显示的只是像前面的步骤那样把png图片导入并且把间距和比例修改之后的样子，并没有我想象的那种直接就是一个建立好的三维模型。于是就去找资料，看视频，之后在B站上面看到有人的教程可以实现自己的目的。在这里我简单的把我所使用的3种可以实现导入数据即为3D模型的方法简单的说一下，详细的可以点开前面的B站链接看B站的UP主的视频。

手动涂画

按照第一个文章，把间距和比例调整好之后，切换到模块Segment Editor

然后再按照下面图的顺序将每一层的区域涂画

这里我只是涂画一层演示而已，因为这种方法不适合使用在这么多切片的数据上，适合涂画肿瘤等微小物块，占切片数量少的情况。
接下来是保存数据的重点
点击图中的按钮（Segmentations…），然后拉到底下，选择导出

接下来就是保存模型的时候了，可以点击左上角的File再选择Save，或者直接点击下面一列的第三个图标

或者

因为我只需要保存3维的模型，所以我只保留最后一个勾，保存路径可以点击Save旁边的按钮来选择位置

最后点击保存就可以了，然后我们来看一下效果，导入数据的时候直接把保存的vtk文件拖入到3D Slicer然后出现一个弹窗，点击OK就可以了

效果图如下所示，正好是一层手动涂画的效果：

阈值选择+裁剪

重复第一种方法同样的步骤，然后再点击阈值按钮，更改阈值覆盖整个想要重建的区域，然后再点击显示3D模型的按钮，显示出阈值覆盖全部的3D模型，最后点击Apply


然后动手开始裁剪，可以选择裁剪方式，这里选择的是把圈起来的部分剪掉

剪掉效果如下图：

这种方法适合对重建区域比较熟悉的人使用，因为很容易剪错区域，保存显示的方法跟第一种方法后面的一样，都是导出来显示。这里就不展示了，因为这种方法确实耗时。

分割好的模型+阈值法

因为我有分割好的数据，所以可以直接使用分割好的数据进行三维重建，这时就要使用全部的输入数据进行重建，还是跟之前的一样的步骤，这里简单的把步骤总结一下，1、导入数据 2、调整间距 3、调整比例 4、切换Segment Editor模块 5、添加分割模块 6、选择阈值（这里要选中全部的数据）7、点击3D显示按钮查看效果 8、导出模型 9、保存数据 这里贴一下我使用分割后的数据进行三维重建的效果

这里贴一下动态图，设置了不同的透明度显示，这个动态图是一个gif格式的文件，百度搜索gifcamera可以找得到相应的软件。

结束语

到这里，文章结束了，希望自己的一些经验对大家有帮助，如果有不当之处请大家批评指出。