VBM后的配对t检验以及xjview使用

之前写了VBM后的双样本t检验，再记录一下配对t检验。
配对t检验和双样本t检验的过程基本一致。包括以下三个步骤。
第一步输入两组被试时，应该成对输入，共有几个被试就有几个pair。

但是这里我在做的过程中没有加协变量，不知道会不会有很大的影响。后面再重新做了看看。
接下来的第二步estimate和第三步的contrast manager都与双样本t检验一样。
因为上一篇双样本t检验和配对t检验都提到了xjview，这里也一起记录一下xjview使用过程中的步骤。
首先xjview的安装啥的就不写了，安装好添加到路径后就可以使用。
在matlab里输入xjview就可以打开了，打开后如下图。

然后点击上面的file选项，打开之前双样本T检验或者配对T检验得到的图，即spm_0001.nii，如下图。

我们可以看到xjview有很多选项，我用到了以下几个：
1.FDR校正：一般选择p=0.05，但是注意，FDR only works on positive or negative direction, not both.所以这里要先选择only +或者only -。
2.FWE校正：和FDR使用方法一样，但是FWE更严格，可以自行选择。
3.cluster size：这里可以选择体素簇大小，选择20，30等等。输入20再回车确定就可以了。
4.xjview最重要的功能 report
这里我查了一些资料，感觉是首先你要选择一个合适的cluster size，太大了会失去很多激活脑区，太小又可能会激活脑区太多。
选好之后报告，在matlab界面得到报告出的脑区

这里我们可以看到其实一个体素簇里面是由很多脑区组成的，一些脑区不具有特殊意义可以不报告，因此我们在写文章的时候，首先可以报告peak点所在的脑区，Cingulum_Mid_R，还可以报告体素数量比较多的脑区，例如Frontal_Sup_Mid_R，报告的时候要写清楚坐标（7.5 31.5 31.5），还有体素的数量 120，以及T值即-7.0625。