matlab绘制bland-altman,Bland-Altman Plots(一致性评价)在R中的实现

假设有reader1 和reader2，分别对一定数量病人的某一影像指标进行评分，现在想看一下这两位研究者评分的一致性，绘制Bland-Altman图是一种较为直观、简单的方式。代码实现方法如下：

显示分组信息的B-A plot

library(BlandAltmanLeh)

library(ggplot2)

reader1

reader2

# bland.altman.plot(reader1, reader2) #普通B-A plot

MVI

ba.stats

plot(ba.stats$means, ba.stats$diffs, col= MVI,

sub=paste("critical difference is", round(ba.stats$critical.diff,4)),

main="Bland-Altman Plot", ylim=c(-0.6,0.6), pch=18-MVI)

abline(h = ba.stats$lines, lty=c(2,3,2), col=c("lightblue","blue","lightblue"),

lwd=c(3,2,3))

legend(x = "topright", legend = c("MVI-","MVI+"), fill = 1:2) # 这里的fill和MVI里的值对应

# Notes: MVI里赋值时不要赋0和1，因为他们代表黑和白，图片上显示不出来

B-A plot_1.png

带直方图的B-A plot:

library(ggExtra)

print(ggMarginal(bland.altman.plot(reader1, reader2, graph.sys = "ggplot2"),

type = "histogram", size=4))

B-A plot_2.png

临床上还会有一种情况，比如一个量表只有1-10分，2个评价者对100个患者评分的话，必然很多人的评分是相同的。如果用普通的B-A图展示的话，有些点就会被覆盖住，无法展现评分差异的全貌。以下代码就是解决这种情况的：

B-A图里的重复值

A

1, 4, 5, 6, 4, 7, 4, 7, 7, 5, 4, 6, 3, 4, 6, 4, 7, 4, 6, 5, 1, 1, 1, 1, 1, 1)

B

1, 4, 4, 7, 4, 8, 3, 7, 7, 5, 6, 7, 3, 3, 7, 3, 6, 5, 9, 5, 1, 1, 1, 1, 1, 1)

bland.altman.plot(A, B)

B-A plot_3.png

bland.altman.plot(A, B, sunflower=TRUE) # 不同形状代表不同的重复值

B-A plot_4.png

ggplot2 给出的解决方案：

print( bland.altman.plot(A, B, graph.sys = "ggplot2", geom_count = TRUE) )

B-A plot_5.png