Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写,所以记住,所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时,你也许想会让Pymol 自动保存你所有输入过的命令,以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到,该文件的后缀名应为.pml,记住,Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全:
Pymol> log_open log-file-name.pml
如果你想终止记录,只需要键入:
Pymol> log_close
好了,现在载入pdb文件:
Pymol> load 2vlo.pdb
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象,你可以在内部GUI 窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字(如test):
Pymol> load 2vlo.pdb, test
下面说说如何来操作你新建的对象。
首先:
Pymol> show representation
Pymol> hide representation
其中representation可以为:cartoon, ribbon,
dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入:
Pymol> hide lines
Pymol> show ribbon
我们将得到如下结果:也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子,只是方向不同而已,那么如何让Pymol 只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令:
Pymol> label all, chains
这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号,你会发现,第一个分子由“链”A-E组成,第二个则由F-J组成。
好了,如果我们想把一个蛋白质分子去掉,那么只要把“链”A -E或者F-J去掉即可:
Pymol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j
上面的东东还可以这样完成:
Pymol> select test, chain f+g+h+i+j
Pymol> hide ribbon, test
上面的第一句命令的作用是选择“链”F-J,并命名为test,然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是,一旦你选择并命名了某个目标,你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标,并可以对其进行操作。
比如你可以:
Pymol> hide everything,test
Pymol> show cartoon, test
这样你会得到:说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东西,就是选择并命名目标,它的基本语法就是:
Pymol> select selection-name,selection-expression
其中名字可以由字母[A/a-Z/z],数字[0-9]已经下划线[_]组成,但是要避免使用:
! @ # $ % ^ & * ( ) ’ " [ ] { }
| ~ ` < > ? /
如果你要删除你选定的目标或者整个对象,你可以:
Pymol> delete selection-name #删除选定目标
Pymol> delete object-name # 删除整个对象
下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings -Colors中找到:
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression
比如我们可以:
Pymol> color red, ss h
Pymol> color yellow, ss s
Pymol> color green, ss l+""
其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s”代表Beta
sheet,l+""代表Loop和所以其他结构。
这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色;把所有的Beta
sheet变成黄色;把所有的Loop以及其他部分变成绿色,于是我们得到:Pymol可以同时打开多个pdb文件:
Pymol> load object-name-1.pdb
Pymol> load object-name-2.pdb
如果你想暂时关闭/打开某个对象,可以这样:
Pymol> disable object-name-1
Pymol> enable object-name-1
你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点,但是该命令并不会使你选定的目标不可见。
Pymol> disable selection-name
使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法,不过命令如zoom,orient等等有时候使用起来也是很有用的,它们提供了另一种改变图像视角的办法。
放大选定目标:
Pymol> zoom selection-name
定向选定目标,可以使选定目标最大的尺寸水平显示,次大的尺寸竖直显示::
Pymol> orient selection-name
你也可以用view命令保存你目前的视角,注意,该命令只保存视角,并不保存你的对象显示方式:
Pymol> view key, action
其中“key”是你随便给当前视角定的名字,“action”可以为:store或者recall。如果不加任何“action”,则默认为recall:Pymol> view v1, store
Pymol> view v1, recall
Pymol> view v1
说了这么多,最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式,下面来分别说说。
使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档:
Pymol> log_open script-file-name
这样以后当你再次调用该文档时,Pymol将执行上面的所有命令:
Pymol> @script-file-name
不过注意,如果你想记录当前视角,则必须使用get_view
命令。
你可以选择外部GUI窗口中的File -Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。
你可以随时编辑该文档。
在linux下,该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。
如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态,那么可以选择外部GUI窗口里面的File -Save Session,创建一个会话文件(.pse)。
该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于,首先文档文件可以编辑,但会话文件不可以;记录文档文件前必须先运行log_open命令,而会话文件可以随时创建;最后文档文件以文档形式运行(@),而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File-Open。
什么时候需要创建会话文件呢?比如当你在某时有多个选择时,你可以保存当前状态,然后一一尝试这些选择,不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用,这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能,那么这个会话文件好像就没什么大用了。
如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了,你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray 命令来优化你的图像,它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效:
Pymol> ray 2000,2000 # 数值可以依据电脑性能自己调
Pymol> png your_path/image_name
最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。
上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol 命令的语法,还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol来说是至关重要的。
从上次讲的一些例子中不难看出,Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上一些变量(argument)组成,格式如下:Pymol> keyword argument
其中关键词(keyword)当然是必须的,而变量则不是必须的,比如退出命令quit就不需要附加变量:
Pymol> quit
当然更多的命令通常是需要加变量的,比如放大命令zoom,但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行,这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量,下面两个命令的作用是一样的,其中的目标选择 all 就是 zoom 的默认变量:
Pymol> zoom
Pymol> zoom all
还有些命令可以带多个参数,比如加色命令color,它的用法如下:
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression
第一个color虽然只带一个变量"color-name",但其实它包含了第二个默认变量all,所以它的作用是把整个结构变成"color-name"的颜色。
第二个color带两个变量,和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了"selection-expression",也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"color-name"定义的颜色。
要注意的是,如果一个命令带多个变量,则这些变量之间必须用逗号","隔开。
通过这个例子,大家可以发现,有些变量本身是很简单的,比如"color-name",就是一个颜色名字而已,没什么复杂的。另一些则不一样,比如"selection-expression",它可以很简单,也可以非常的复杂。这个东西,我称之为选择表达,对Pymol命令的使用非常重要,所以下面要详细的讲一下。
选择表达(selection-expression)表示的实际就是一些被选中的部分,它们可以是一些个原子,一些个Helix,一些个Beta sheet,或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字,以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母,数字以及下划线[_]组成,但是因避免使用下列符号:
! @ # $ % ^ & * ( ) ’ " [ ] { }
| ~ ` < > ? /
选择表达由所谓的"selector"加上"identifier"组成,其中"selector"定义了某类属性,而"identifier"则在该类属性下需要被选择的部分。如下例:
Pymol> select test, name c+o+n+ca
其中"name"就是一个selector,它表示在pdb文件中描述的原子的名字;“c+o+n+ca"则是对应的"indentifier”,它表示我们要选择pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子(ca代表alpha carbon,cb代表beta carbon)。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为"test",这样我们可以在后面继续使用它。
下表列出了大多数的selector:Selector简写,Identifier及例子
symbol
e.
chemical-symbol-list
周期表中的元素符号
Pymol> select polar, symbol o+n
name
n.
atom-name-list
pdb文件中的原子名字
Pymol> select carbons, name ca+cb+cg+cd
resn
r.
residue-name-list
氨基酸的名字
Pymol> select aas, resn asp+glu+asn+gln
resi
i.
residue-identifier-list
pdb文件中基团的编号
Pymol> select mults10, resi 1+10+100
residue-identifier-range
Pymol> select nterm, resi 1-10
alt
alt
alternate-conformation-identifier-list
一些单字母的列表,选择具有2种构型的氨基酸
Pymol> select altconf, alt a+b
chain
c.
chain-identifier-list
一些单字母或数字的列表
Pymol> select firstch, chain a
segi
s.
segment-identifier-list
一些字母(最多4位)的列表
Pymol> select ligand, segi lig
flag
f.
flag-nummer
一个整数(0-31)
Pymol> select f1, flag 0
numeric_type
nt.
type-nummer
一个整数
Pymol> select type1, nt. 5
text_type
tt.
type-string
一些字母(最多4位)的列表
Pymol> select subset, tt. HA+HC
id
id
external-index-number
一个整数
Pymol> select idno, id 23
index
idx.
internal-index-number
一个整数
Pymol> select intid, index 23
ss
ss
secondary-structure-type
代表该类结构的单字母
Pymol> select allstrs, ss h+s+l+""
用pymol打开.cif/.sdf文件,然后依次点击file→Export Molecule→Pdb options→save→更改路径,文件名,文件类型→保存即可。
超强笔记:https://www.renrendoc.com/paper/109175605.html