已知距离矩阵，R语言画聚类图

已知距离矩阵x，怎么进行系统聚类并画出谱系图

查了网上不少资料，都是随机生成样本点，然后计算距离矩阵，最后再画出聚类图。

但我现在已知距离矩阵，怎么画聚类图呢？（此处采用最短距离（single））

R语言代码：

x <- matrix(c(0, 11,12,13,10,15,14,11, 0, 22, 24,23,20,21,12,22,0,19,5,18,17,13,24,19,0,6,16,8,10,23,5,6,0,31,3,15,20,18,16,31,0,4,14,21,17,8,3,4,0),nrow=7,ncol=7)

查看x：

可见已经输入进去原始的距离矩阵。

这个时候直接用*hclust()*进行操作会报错：

需要转换为一般用dist()计算距离矩阵的样式，用如下代码转换：

d<-as.dist(x)

此时在进行聚类图画图就ok了。

hc1=hclust(d,"single");
plot(hc1);

但是，样本一般有名字，本次的样本为“A,B,C,D,E,F,G”七个样本，需要对矩阵行标进行命名：

 rownames(x) <- LETTERS[1:7]

此时查看x：

搞定。

完整代码：

x <- matrix(c(0, 11,12,13,10,15,14,11, 0, 22, 24,23,20,21,12,22,0,19,5,18,17,13,24,19,0,6,16,8,10,23,5,6,0,31,3,15,20,18,16,31,0,4,14,21,17,8,3,4,0),nrow=7,ncol=7)
rownames(x) <- LETTERS[1:7]
d<-as.dist(x)
hc1=hclust(d,"single");
plot(hc1);

效果图：