Visium空间转录组

Visium空间转录组是在组织原位检测全转录组基因表达的一种技术，使得我们在检测基因表达水平的同时，获得基因在组织内部空间表达的位置信息。与空间转录组相比，传统的全基因转录组或单细胞转录组测序，丢掉了基因或细胞在组织内的空间分布信息，而广泛应用的RNA探针杂交，这只能同时检测有限的几个基因在组织内的空间表达分布。而空间转录组可以将基因表达与H&E染色的结果叠加在一起，不需要对组织进行消化，从而保留了组织内部的空间结构，这样使得我们可以研究组织内部不同区域的细胞异质性。

Visium空间转录组的工作原理？

Visium基因表达玻片上有4个捕获区域，也就是图片上展示的4个小方框，每个捕获区域的大小是6.5mm乘6.5mm，每个捕获区域大约有5000个spot，也就是图上所示的小圆点，每个spot的直径是55µm，两个spot的中心点的距离是100µm，每个spot上面有数百万条oligo。每个spot上所有oligo的Spatial Barcode的序列都是相同的，而不同的spot之间Spatial Barcode是不同的，这样通过Spatial Barcode，就能够知道每条mRNA到底位于哪个spot，也就获得了mRNA的空间位置信息。UMI用于基因表达定量，可以知道每个spot上有哪些基因表达以及他们的表达量。poly-A用于捕获mRNA。4个捕获区域内的Spatial Barcode是相同的，但每个捕获区域内不同的spot之间Spatial Barcode是不同的。

总实验流程分为三个部分：

一是样本制备及预实验，二是组织优化，三是基因表达。

样本制备及预实验实验流程：

首先获取组织样本，进行冷冻&#x