生信漫谈如何做出美美的多序列比对图

前言

做生信的小朋友看到别人文章里面的多序列比对图是不是感觉特别好看，特别养眼，但是让自己去做，出的图真是惨不忍睹，无法直视，被老板ds，没办法，因为你们没有找到好用的软件，还有你也没要找到正确的使用方法。

由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高水平文章的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。今天，我就给小伙伴介绍一下今天的主角：多序列比对软件GeneDoc。

GeneDoc简介

GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式。

GeneDoc下载地址：

https://github.com/karlnicholas/GeneDoc

GeneDoc使用

1.多序列比对数据准备

这里我们我们利用上一篇文章的19条SPL15蛋白序列为例，利用MEGA7进行多序列比对。

导出比对好的多序列文件，命名为19.fas

2、导入多序列比对结果进GeneDoc

点击Done确定

2、多序列比对结果美化设置参数

点击C进去进行参数设置，点击Project，选择保守序列不显示，同时对字体颜色进行设置，点击确定

3、多序列比对文件图片导出

具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。

选中后如下图所示：

粘贴到ppt中保存即可

4、还有一种比较好用的暂时没人发现的导出功能，利用虚拟打印机导出矢量图（一般人不会告诉你的，这是唯一的一篇介绍这种这种功能的推文）

5、利用矢量图软件AI进行序列美化修饰

以上的介绍够详细吧，相信你按着步骤也能做出美美的让老板羡慕的多序列比对图。

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