windows下软件安装:Anaconda下安装Pymol

Windows下利用Anaconda安装Pymol

  • 1. Anaconda的安装
  • 2. Anaconda安装后测试
  • 3. Pymol的安装
    • 3.1创建python3.7环境
    • 3.2 激活python37环境
    • 3.3 在python37环境中安装Pymol
      • 3.3.1 Pymol包的下载
      • 3.3.2 Pymol包的安装
  • 4. 启动Pymol

1. Anaconda的安装

在anaconda官网上下载anaconda软件包,并进行安装(https://www.anaconda.com/)
(建议安装过程中将“添加到环境变量”选项勾选)

2. Anaconda安装后测试

打开 Anaconda Prompt (anaconda),输入conda --version,查看版本信息。

3. Pymol的安装

由于我安装的Anaconda自带的python为3.8,而后续用到的pymol包对应的python为3.7,因此我需要创建一个python 3.7环境。

3.1创建python3.7环境

运行 conda create -n python37 python=3.7 来创建名为"python37"的环境

在创建python 3.7环境过程中出现下面类似错误

(原错误未保存,但在Stackoverflow中找到一个类似的错误)
https://stackoverflow.com/questions/51266535/conda-returns-solving-environment-failed

# >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<

    Traceback (most recent call last):
      File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\exceptions.py", line 1079, in __call__
        return func(*args, **kwargs)
      File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\cli\main.py", line 84, in _main
        exit_code = do_call(args, p)
      File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\cli\conda_argparse.py", line 82, in do_call
        return getattr(module, func_name)(args, parser)
      File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\cli\main_create.py", line 37, in execute
        install(args, parser, 'create')

解决办法:

DELETE C:\Users\\.condarc and then update Conda. This will solve it in Windows.
(删除 \.condarc 文件后运行conda update conda更新conda)

3.2 激活python37环境

conda activate python37

3.3 在python37环境中安装Pymol

3.3.1 Pymol包的下载

我自己下载的Pymol为 pymol-2.5.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
(各版本pymol下载网址: https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

3.3.2 Pymol包的安装

① 安装Pymol之前,先运行pip install pmwpip install numpy来安装pmw和numpy

② 转到下载的Pymol包所在位置,输入pip install pymol-2.5.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl (此处根据下载的pymol包的名称进行相应的修改)

4. 启动Pymol

打开 Anaconda Prompt (anaconda)后,输入 conda activate python37 后,再输入 pymol 即可启动。

输入 conda deactivate 可以退出环境
输入 conda env list 可以查看所有已安装的环境
输入 conda config --show 可以查看conda的配置信息,对应于 channel 的即为镜像配置

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