Gromacs&g_mmpbsa安装教程

环境：linux CentOS 7.3 安装均为单机版本，默认安装，且使用二进制文件。

1、下载安装cmake-3.14.1
不好使用yum直接安装cmake因为yum下载的cmake版本过低，不适用于gromacs的编译
cmake官网下载安装包https://cmake.org/download/

# wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.14.1/cmake-3.14.1-Linux-x86_64.tar.gz
# tar xvfz cmake-3.14.1-Linux-x86_64
# vim /etc/profile
>>>i进入编辑，在最后一行添加
>export  PATH=$PATH:/安装位置/cmake-3.14.1-Linux-x86_64/bin
>>>esc推出编辑模式，输入 :wq 退出环境变量设置
#source /etc/profile
# cmake -version
>>>进行安装成功验证，若成功则会返回版本信息

2、gromacs安装
官网的安装步骤：
http://manual.gromacs.org/documentation/5.1.5/install-guide/index.html

# wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.1.5.tar.gz
# tar xfz gromacs-5.1.5.tar.gz
# cd gromacs-5.1.5
# mkdir build
# cd build
# cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx -DGMX_SIMD=SAV_256 （具体命令参数见官网，或参考大神的这篇http://sobereva.com/457）
# make
# make check
# sudo make install
# source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

也可以将export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin/GMXRC写入/etc/profile中不用每次开机都source了。

在安装的时候我报了错：“nvcc fatal : Unsupported gpu architecture ‘compute_20’
nvcc fatal : Unsupported gpu architecture ‘compute_20’
CMake Error at
libgromacs_generated_nbnxn_cuda_data_mgmt.cu.o.Release.cmake:218 (message):”

后来查资料是因为CUDA版本太高，不适合这个版本的gromacs，因此我最后安装的是gromacs2018的版本。大家还是要按需下载。

之后输入

# gmx -version

验证是否安装成功

3、g_mmpbsa安装
https://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/Download-and-Installation.html
下载对应版本的安装包

# tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gz
# cd bin
# sudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/.
# sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/.

验证：

# g_mmpbsa -h