drawCell | 不会画细胞结构图就用这个R包吧~ Super Nice！~
1写在前面
我们在paper中经常需要画到细胞结构图，新手ppt一点一点画，高手可能会用AI手搓，土豪直接使用BioRender。
今天给大家大家分享一个代码画细胞结构图的R包，如果你觉得自己不会写代码，不想看了，那你就错过了哦。
这个R包还开发了shiny，实现交互，鼠标点点就可以完成。
真希望有一天开发出个AI，人们描绘一下要画什么样的图，就有了，而且还特别有创意，解放我等科研狗的双手。
2用到的包
rm(list = ls())
# devtools::install_github("svalvaro/drawCell")
library(drawCell)
library(tidyverse)
3Shiny交互式绘图
3.1 开启Shiny
现在做Shinyapp的越来越多了，方便大家的使用。
这里也是一样的，大家运行下面这段代码，开启Shiny。
drawCell::drawCellShiny()
3.2 选择细胞类型
这里我们做几个示范吧，都很简单。
大家可以选择自己需要的细胞类型，还是挺多的，这个包是基于SwissBioPics API开发的，所以图片都是来自SwissBioPics：
https://www.swissbiopics.org/
3.3 标记细胞核
我们试着点一下细胞核，这样就标记上了。
3.4 换个颜色
接着我们试试换一下颜色，这里貌似不能直接输入色号，是个问题。
3.5 标记线粒体
最后再标记一下线粒体，然后就download你的图片吧。
4代码实现绘图
4.1 示例一
我们试着标记人类细胞的内质网，线粒体和高尔基体吧。
颜色的话大家可以去各种取色网站获取，挑选你自己的心头好。
drawCell(organism_identifier = '9606',
list_sl_colors = list("SL0173" = "#00337C", "SL0101" = "#03C988","SL0135" = "#FEC868"))
4.2 示例二
画个肌细胞吧，我们标记一下肌纤维，线粒体和细胞桥粒。
drawCell(organism_identifier = '6072',
list_sl_colors = list("SL0312" = "#579BB1", "SL0173" = "#58287F", "SL0092" = "#FBC252"))
4.3 示例三
最后再画个神经元，我们标记一下髓鞘，细胞核和高尔基体。
drawCell(organism_identifier = '6072',
list_sl_colors = list("SL0176" = "#C0DEFF", "SL0191" = "#2B3467", "SL0135" = "#FAAB78"))
5补充一下
5.1 物种ID
大家在寻找你需要的物种时，可能不知道对应的代号是什么，其实这个是基于taxonomy id，大家可以在下面这里查到：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/
5.2 亚细胞结构ID
对于需要标记的亚细胞结构，如细胞核，线粒体等，对应的SL codes可以在这里Uniprot和uniprotkb_sl2go找到：
1️⃣ https://www.uniprot.org/help?query=subcell
2️⃣ http://current.geneontology.org/ontology/external2go/uniprotkb_sl2go
点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰
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