复现《nature communications》散点小提琴图加蜜蜂图
今天我们学做一下NC文章的小提琴图，有小提琴图，也有散点，其实看过之前系列文章的人如果能够联想，可以想到这个图是（ggplot分组散点图-坐标轴截断-添加四分位图-显著性检验）和（ggplot批量绘制小提琴图并添加趋势连线）的结合。只不过这篇文章的图有个特点是散点分布和小提琴图形状一致，在画散点的时候利用geom_quasirandom 代替geom_jitter即可。
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原文提供了原始作图数据，可去官网下载。
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作图：
读入数据
setwd("D:/KS项目/复现NC")
A <- read.csv("Fig3f.csv", header = T)
A$Integrated.density <- 0.001*A$Integrated.density
library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)
library(ggpubr)
A$Biological.replicate <- as.factor(A$Biological.replicate)
计算平均值、sd等：
library(dplyr)
B <- A %>%
group_by(Treatment) %>%
mutate(upper = quantile(Integrated.density, 0.75),
lower = quantile(Integrated.density, 0.25),
mean = mean(Integrated.density),
median = median(Integrated.density),
sd = sd(Integrated.density))
ggplot作图：
ggplot(A,aes(x=Treatment,y=Integrated.density))+
geom_violin(width =0.8,fill='#EDEDED',color='#EDEDED')+
geom_quasirandom(aes(color=Biological.replicate),width = 0.4,size=2.5)+
scale_color_manual(name = 'Rep.',
values = c('#FFD7A8','#F2A9A9','#BAB099'),
labels = c('1','2','3'))+
theme_classic()+
labs(x=" ",
y=expression('Integrated density (x'~10^3~')'))+
theme(axis.title.y = element_text(colour = 'black',size = 16),
axis.text = element_text(colour = 'black',size = 14),
axis.line = element_line(size = 1),
legend.title = element_text(size = 14),
legend.text = element_text(size = 14))+
guides(color=guide_legend(override.aes = list(size=4)))+
geom_errorbar(data=B, aes(ymin = mean-sd,
ymax = mean+sd),width = 0.2,size=0.5)+
stat_summary(fun = "mean",
geom = "crossbar",
mapping = aes(ymin=..y..,ymax=..y..),
width=0.4,
size=0.3)+
stat_summary(aes(fill=Biological.replicate), geom="point",
fun = mean, shape=21, size=6,stroke=1.3)+
scale_fill_manual(values = c('#FFAF51','#E65454','#756233'))+
geom_signif(data=A,
aes(xmin=1, xmax=2, annotations="0.3008367",
y_position=310),
textsize = 5,tip_length = c(0, 0),
manual=TRUE, size = 0.5)+
guides(fill=guide_legend(title = 'Mean'))
image.png
结果基本是一致的，不同之处在于误差线，我是按照mean±sd，和原文有出入。其次Mean的图例，这里没有修改，不知有啥好办法，原文只有一个圈，其实用annotate函数可以加上。
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