cygwin，cd-hit安装和使用

最近想使用cd-hit对RNA进行取冗余

 

1 cygwin安装

 

具体安装过程参考下面链接，不过要注意在安装组件包的时候记得安装make组件,不然会很麻烦

Windows：安装cygwin教程_Big_quant的博客-CSDN博客_cygwin目录目录前言常见错误前言本篇文章参考这篇： cygwin安装 但自从博主写后，这个东西发生了一些变化，因此，根据最新版的重新写了一遍。 我们可以到Cygwin的官方网站下载Cygwin的安装程序或者直接使用来下载安来下载安装程序.下载完成后，运行setup.exe程序，首先是同意安装，第三方的软件在windows上不受信任，出现安装画面。直接点“下一步”，...https://blog.csdn.net/lvsehaiyang1993/article/details/81027399

2 cd-hit使用

GitHub - weizhongli/cdhit: Automatically exported from code.google.com/p/cdhit

下载后解压就行

先打开cygwin，使用cd命令进入cd-hit所在的目录下，例如输入cd d:/Code/cdhit

在输入make命令进行编译，编译结束后会出现cd-hit.exe文件，一次make不对多make几次，或者输入make zlib=no

在输入./cd-hit -i d:/Dataset/new.fasta -o d:/Dataset/new2.fasta -c 0.8 -aS 0.8 -d 0

上述命令的意思是，使用cd-hit.exe对new.fasta进行80%冗余处理，处理后保存在new2.fasta文件

-i 输入目录，-o输出目录