circos图

绘制circos图一般需要上图中的三个文件。

一：染色体配置文件

主要是染色体的位置，名称，颜色的设置。
其中第三列你可以改成想在图上显示的名字，例如aly1你可以改成aly_chr1等。
四到五列为染色体起始终止位置。
最后一列为染色体配色，下面是官网给出的配色：

以上是一个染色体的配置文件，要是有两个物种的话可以反着排序，这样就会形成一个对称的关系：

chr -   aly1    aly1    0   33132539    rdylbu-11-div-1
chr -   aly2    aly2    0   19320864    rdylbu-11-div-2
chr -   aly3    aly3    0   24464547    rdylbu-11-div-3
chr -   aly4    aly4    0   23328337    rdylbu-11-div-4
chr -   aly5    aly5    0   21221946    rdylbu-11-div-5
chr -   aly6    aly6    0   25113588    rdylbu-11-div-6
chr -   aly7    aly7    0   24649197    rdylbu-11-div-7
chr -   aly8    aly8    0   22951293    rdylbu-11-div-8
chr -   alt5    alt5    0   26975502    rdylbu-11-div-5
chr -   alt4    alt4    0   18585056    rdylbu-11-div-4
chr -   alt3    alt3    0   23459830    rdylbu-11-div-3
chr -   alt2    alt2    0   19698289    rdylbu-11-div-2
chr -   alt1    alt1   0   30427671    rdylbu-11-div-1

二：展示共线性基因及区块的文件

1.1 link.txt

我们需要展示的有联系的基因（图1红色线条）
如果不是基因家族文件，而是某类基因的文件，也可以做成如下了格式，前三列和后三列形成一个对应关系：

1.2 genome.txt

染色体区块之间的关系信息，图1中的灰色部分，下图中的alignment代表一个区块。

三： plots文本文件

text.txt

这个文件是为了显示共线性基因的名称等信息，文件内容就是你想展示的gene名称和位置信息。

四：circos主配置文件circos.conf

下面就是主配置文件，自己可以稍作修改

chromosomes_units=1000000    #刻度单位Mb
#chromosomes_reverse=/chr[01]/   ##染染上体上的刻度逆向排列，染色体格式要是是chr1这种你就改成/chr[1]/
karyotype=./chr.info  #染色体信息配置文件
show_tick_labels=yes
show_ticks=yes
spacing=10u
  #设置染色体刻度
    color=black
    format=%d
    multiplier=1e-6
    radius=1r
    thickness=2p
    
        size=10p
        spacing=5u
    
    
        color=black
        format=%d
        label_offset=10p
        label_size=25p
        show_label=yes
        size=15p
        spacing=25u
        thickness=4p
    

 #染色体绘制设置
    fill=yes   #是否填充颜色
    label_font=default
    label_parallel=yes
    label_radius=dims(image,radius)-60p
    label_size=45  ##以上这四行为染色体标签
    radius=0.8r  #设置半径，以免基因名称过长超出显示范围
    show_label=yes
    
        default=0.005r   ##两个染色体之间的间隙
    
    stroke_color=dgrey
    stroke_thickness=2p
    thickness=0.03r    ##以上3列是对染色体轮廓设置，包括颜色，清晰度，宽度；注意颜色要在chr.info中修改

  #设置连线
    bezier_radius=0r
    bezier_radius_purity=0.75
    color=black
    crest=0.5   ##以上几列为links的全局的设置，包括连线的弯曲度，颜色
      #基因家族共线性
        bezier_radius=0r
        bezier_radius_purity=0.75
        color=set2-8-qual-1
        crest=0.5   ##这几列也是连线的设置，会覆盖掉之前的全局设置
        file=./WRKY.link.txt    #输入文件，为你想在图片中的高亮文件
        radius=0.98r  ##连线的位置
        
            
                color=green
                condition=var(intrachr)
            
            
                color=red
                condition=var(interchr)
            
           ##以上几列是links连线的规则，比如染色体之内（intrachr）为绿色，染色体之间（interchr）为红色
        thickness=8  ##连线的厚度
        z=20   #层数
    
      #整个染色体上大的区块之间的共线性
        bezier_radius=0r
        bezier_radius_purity=0.75
        color=230,230,230,0.2   ##230,230,230表示灰色，0.2表示透明化（数字越小越透明）
        crest=0.5
        ribbon=yes  ##大区块之间连接为条带状，而不是连线
        file=./genome.blocklink.txt   #输入大区块之间共线性文件
        radius=0.98r  ##与前一个link的位置要保持一致
        thickness=1
        z=15  ##图层位置要设置得比高亮的要厚一点，不要太靠前
    
    radius=0.40r
    thickness=1

  ##显示在染色体上重点标明的基因与基因之间的关系做一个注释
    
       color=black
   label_snuggle=yes  #如多个文本文字距离过近，避免重叠  参考：https://www.omicsclass.com/article/678
        file=./WRKY.text.txt  #输入文件
        label_font=condensed
        label_size=24p
        link_color=red
    link_dims=0p,2p,5p,2p,1p   ##links的位置
        link_thickness=2p  ##厚度
        r0=1r   ##links起始
        r1=1r+500p   ##links终止
        rpadding=0p  ##文字边缘大小
        padding=0p
        show_links=yes
        type=text
    
    type=histogram



<>
<>
#<>
#<>
#<>


<>


<>

<>

二：准备文件

1. 核型文件chr.info

自己取gff把前两列下下来改成需要的格式

2.其他三个文件借助perl完成，需要的输入文件再mcscanx中讲到过：

AT.collinearity
AT.gff
NBS_collinear.pairs ##基因家族的pair文件

再用一个perl脚本colline_v2.pl完成。

$perl ~/project/yuantao/script/perl.pl/colline_v2.pl -gff AT.gff -list NBS_collinear.pairs -colline AT.collinearity -od . -name NBS

最终生成5个文件

NBS.link.txt 基因家族links文件
genome.blocklink.txt 染色体内大的区块之间的联系
NBS.text.txt 文本注释文件
NBS.txt 为了方便查看基因家族内存在对于关系的基因。
这里需要用于画图的就是NBS.link.txt ，NBS.text.txt ，genome.blocklink.txt 三个文件，把这三个配置文件拷贝到主配置文件内。
最后运行circos绘图即可。