2018-11-16 学习小组Day5 笔记——R语法入门（郭屹石）

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查漏补缺

在这些数据类型里，生信学习者最需要熟悉的是向量和数据框。

part1：向量

1. 标量和向量的区分

元素：数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
标量：一个元素组成的变量（一排有序排列的元素）
向量：多个元素组成的变量

• 几种赋值向量的方法

a <- c(1, 2, 3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
a <- (1: 10) #从1-10之间所有的整数
a <- seq(1, 10, by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
a <- rep(1: 3, times = 2) #1-3 重复2次

2. 从向量中提取元素

（1）根据元素位置

a[4] #x第4个元素
a[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
a[2: 4]#第2到4个元素
a[-(2:4)]#除了……
a[c(1, 5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值的大小

a[a == 10]#等于10的元素
a[a < 0]
a[a %in% c(1, 2, 5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

Part2：数据框

1. 读取本地数据

要读取的数据一定要放在工作目录里，否则报错。

2. 设置行名和列名

colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

3. 数据框的导出

4. 变量的保存与重新加载

#保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

5. 提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列

6. 直接使用数据框中的变量

提取某两列作散点图：

（case和values是列名）

c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
> plot(c$case,c$values)

--这种方法有个缺点：数据框名c在代码中重复出现

如何解决？

方法1：attach

• 将数据框名添加到搜索环境中：attach（c）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。

attach(c)
plot(case,values)

• 做完后将c删除出搜索环境 detach（c）
• 局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。

方法2：with

with(c,{
+ plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，y也就是出了with循环仍有效。
})
x #运行完后打印x

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摘录参考：生信星球第九期Day5生信入门班教程