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钿璎纍纍佩珊珊
本文是要把昨天画的聚类热图给“掰弯”，gene<-read.csv(file="clipboard",header=T,sep="\t",check.names=F)#读入数据row.names(gene)<-letters#添加上基因名，如果直接有基因名，则省去这一步gg<-hclust(dist(gene))#行聚类zz<-hclust(dist(t(gene)))#列聚类gene<-gene
- PyCharm - Run & Debug 程序安全执行步骤
Yongqiang Cheng
PyCharmPyCharmRun程序安全执行步骤Debug程序安全执行步骤
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- Unity网络编程(三)TCP 1VN聊天室 封包拆包
罗卡恩
在之前的基础上改成多人聊天服务器usingSystem;namespaceTalkRoomTCP{classProgram{staticvoidMain(string[]args){newTalkSever().Init();//接收一个键盘输入的字符，目的是不让命令行自动关闭Console.ReadKey();}}}usingSystem;usingSystem.Collections.Gene
- FLP-FRT系统--诱导性基因编辑inducible gene editing
Seurat_Satija
仍然还是那句话，如果想要快速学习一门新的技术，了解知识背景，看中文文章更好，如果有硕博士毕业论文那则是最佳。说到基因编辑技术，我一开始只知道（A）CRISPR/Cas9https://www.jianshu.com/p/b9d2a7203e6c在经过一系列挣扎之后，好不容易看懂了CRISPR/Cas9的原理，冷不丁冒出来一个（B）Cre/LoxP条件性敲除系统https://www.jianshu
- [学习笔记]TypeScript学习笔记
无知的圆
TypeScript前端笔记typescript前端
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- 基因的一大家子-Gene Family
刘小泽
刘小泽写于18.9.25今天接触到一个新名词——基因家族分析，不搜不知道，一搜吓一跳。2018年关于基因家族分析的文章已经超过了180篇，并且门槛不高，甚至用公共数据库就能做。什么是基因家族？想想我们人的家族，肯定是一大家子，一个共同的祖先的后代。尽管子子孙孙长相各异，但是血缘关系维持着我们的亲疏远近基因家族，当然也是来源一个祖先，经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因，它们
- dplyr1.0.0 重点内容 across()、slice_*()、nest_by()、mutate(.keep, .names, .before, .after)、rowwise()、rel...
热衷组培的二货潜
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- 《重疾不重》分享文摘（癌症）
帆宝妈妈
“我相信一个人一生，一定会得重大的疾病，如果没有得，那是因为别的原因先离开了还没有机会得。”——丁云生图片发自App癌症，又名恶性肿瘤。癌症的英文名称为CANCER，与星座中“巨蟹座”的英文名称一样。。两者之间也的确有相似之处：癌细胞通常会像螃蟹那样四处蔓延、横行无阻。癌的基本单位是癌细胞。总的来说，癌症有五个明显的特性：第一，癌细胞来自正常细胞的突变；第二，癌细胞不受体内自律系统的约束；第三，癌
- Ubuntu Docker 安装
zwb_jianshu
Docker支持以下的Ubuntu版本：UbuntuPrecise12.04(LTS)UbuntuTrusty14.04(LTS)UbuntuWily15.10Xenial16.04(LTS)其他更新的版本……如果安装Dockerce需要16.04及以上版本，安装步骤可以查看笔记部分：Cosmic18.10Bionic18.04(LTS)Xenial16.04(LTS)前提条件Docker要求Ub
- 单因素Cox回归循环function
陈宇乔
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- GSVA全名Gene set variation analysis（基因集变异分析）简介
Seurat_Satija
GSVA全名Genesetvariationanalysis（基因集变异分析），是一种非参数，无监督的算法。与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基因表达数据，从单个基因作为特征的表达矩阵，转化为特定基因集作为特征的表达矩阵。GSVA对基因富集结果进行了量化，可以更方便地进行后续统计分析。如果用limma包做差异表达分析可
- RNA-seq-Li
bred
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机器学习GA遗传算法
文章目录基本思想基本概念基本操作算法基本步骤代码实现参考文献基本思想遗传算法（GeneticAlgorithm，GA）是一种进化算法，其基本原理是仿效生物界中的“物竞天择、适者生存”的演化法则，它最初由美国Michigan大学的J.Holland教授于1967年提出。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群（population）开始的，而一个种群则由经过基因（gene）编码的一定数目的个体(
- 一、单词篇——01人体
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一、人体组织1、cell：细胞2、chromosome：染色体3、gene：基因4、tissue：组织5、organ：器官6、bloodvessel：血管7、artery：动脉8、vein：静脉二、面部1、head：头2、hair：头发3、brain：大脑4、cerebraldeath：脑死亡5、forehead：额头=brow6、wrinkles：皱纹=lines7、eyebrow：眉毛8、ey
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实验3.1决策树处理分类任务使用sklearn.tree.DecisionTreeClassifier完成肿瘤分类（breast-cancer）计算最大深度为10时，十折交叉验证的精度(accuracy)，查准率(precision)，查全率(recall)，F1值绘制最大深度从1到10的决策树十折交叉验证精度的变化图1.读取数据importnumpyasnpimportpandasaspddat
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一个没有感情的文献阅读机
本文选自Naturecommunication，https://doi.org/10.1038/s41467-019-14060-x，喜欢的朋友可以自行下载。不废话，上图。咋一看挺复杂啊。CD73可以产生EADO,细胞外ADO通过腺嘌呤能A2A受体4-6施加免疫抑制作用。CD73在CAF高表达，且CD73与多种肿瘤预后相关，因此，作者就作了CAF与肿瘤免疫相关的内容。然后作者作了一波生信分析，相当
- 论文阅读：Brain–Computer EMO: A Genetic Algorithm Adapting to the Decision Maker
还是要努力呀！
论文阅读论文阅读多目标优化
Brain–ComputerEvolutionaryMultiobjectiveOptimization:AGeneticAlgorithmAdaptingtotheDecisionMaker作者：RobertoBattiti、AndreaPasserini期刊：IEEETRANSACTIONSONEVOLUTIONARYCOMPUTATION、OCTOBER2010DOI：10.1109/TEV
- 通用 Mapper 专用代码生成器
言什
mybatisjavamysql
使用该插件可以快速生成实体类、Mapper接口以及对应的XML文件。1、使用maven进行依赖集成maven-compiler-plugin是springbooot项目中自带的插件，不需要自己引入mysql-connector-java需要兼容自己项目构建的版本，我这里使用的是8.0.29mapper使用最新版本4.1.5代码如下:org.mybatis.generatormybatis-gene
- EVM 对预测结果进行整合
斩毛毛
从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，EVidenceModeler(EVM)可以对上述结果进整合软件安装wget-4https://github.com/EVidenceModeler/EVidenceModeler/archive/v1.1.1.tar.gztarxfv1.1.1.tar.gz#添加环境变量使用流程所需数据gene_prediction.gff3标准的gff3格式
- FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file
小明的数据分析笔记本
最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的fasta文件，genbank文件；gff3文件，但是没有把gene和CDS序列单独列出来的文件（如果有的话自己目前也不知道在哪个地方下载）这就需要我们利用现有的文件来提取，今天找到了一
- <文献阅读>用转移熵通过微阵列的时间序列推断基因调控网络(inferring gene regulatory networks from microarray time series data ...
我们一起舔过铁栏杆
这篇文章是2007的时候发表在IEEE杂志上，并没有收录到PubMed里面。是韩国的学者开发出来的方法。具体来说，通过转移熵计算基因对的因果关系(causalrelations),也就是转移熵的值。转移熵不是负数，而且大小代表因果关系的强度。题目：Inferringgeneregulatorynetworksfrommicroarraytimeseriesdatausingtransferentr
- TCGA-302-下载数据实战
小梦游仙境
官网数据存放中心：https://portal.gdc.cancer.gov/image-20190619115407536image-20190619115504685先下载caseimage-20190619115611503image-20190619120123661接下来下载file，现在感兴趣的是miRNAseq的表达量image-20190619120258569image-2019
- 机器学习之遗传算法（Genetic Algorithm）
贾斯汀玛尔斯
数据湖python机器学习人工智能
机器学习（MachineLearning）是一种通过使用算法和统计模型，使计算机系统能够从数据中学习并改善性能的领域。而遗传算法（GeneticAlgorithm）是一种受到自然选择和遗传学原理启发的优化算法，用于寻找问题的最优解或近似最优解。遗传算法的基本思想是通过模拟自然选择和遗传机制，逐步演化一组个体以找到最适应环境的解决方案。这个过程包括选择、交叉（交叉互换基因信息）、变异（基因随机变化）
- 差异分析完的基因列表，可以这样画KEGG通路
欧阳松
差异分析完以后，就有了基因列表和差异倍数，有了这两个东西，就可以用clusterprofiler做GSEA，然后有了pathview包的话，就可以可视化KEGG通路怎么做GSEA，可以参考我之前的文章，R做GSEA富集分析基因列表必须是entrezid，也就是数字，这个可以用clusterprofiler转换geneList<-gene$logFC#可以是folodchange，也可以是logFC
- Flutter提示Don‘t use ‘BuildContext‘s across async gaps.的解决办法---flutter里state的mounted属性
夏目艾拉
flutter前端javascript
今天编写代码，遇到了Don'tuse'BuildContext'sacrossasyncgaps.的蓝色提示，虽然不是警告也不是报错，但是强迫症还是受不了想解决这个bug原因我在async函数进行了显示toast的wiget，flutter不希望我们这样做，因为这里我们函数是异步的，执行显示widget时候的buildcontext可能变化了，也就是我们现在界面widget树可能变化了解决在你的w
- [基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释
巩翔宇Ibrahimovic
GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上，可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。wgethttp://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2019-09-12.tar.gztarzxvfgmap-gsnap-2019-09-12.ta
- 怎么改手机视频格式？
无可辩驳的真理
晚上闲着无聊或者坐在车上的时候，拿出手机看视频是一件很惬意的事情，然而手机上支持的视频格式并不多，不过可以用迅捷视频转换器来转换手机视频的格式。曼城的一位警探SamTyler在办案中被车撞倒在地，从昏迷中醒来后发现自己的4×4车变成了30年前的款式，车内有把他调到曼城警署的文件。原来他回到了1973年，还是在同一栋楼里办公，成了另一个警探GeneHunt的下属，Gene是DCI(Detective
- java观察者模式
3213213333332132
java设计模式游戏观察者模式
观察者模式——顾名思义，就是一个对象观察另一个对象，当被观察的对象发生变化时，观察者也会跟着变化。
在日常中，我们配java环境变量时，设置一个JAVAHOME变量,这就是被观察者，使用了JAVAHOME变量的对象都是观察者，一旦JAVAHOME的路径改动，其他的也会跟着改动。
这样的例子很多，我想用小时候玩的老鹰捉小鸡游戏来简单的描绘观察者模式。
老鹰会变成观察者，母鸡和小鸡是
- TFS RESTful API 模拟上传测试
ronin47
TFS RESTful API 模拟上传测试。
细节参看这里：https://github.com/alibaba/nginx-tfs/blob/master/TFS_RESTful_API.markdown
模拟POST上传一个图片：
curl --data-binary @/opt/tfs.png http
- PHP常用设计模式单例, 工厂, 观察者, 责任链, 装饰, 策略,适配,桥接模式
dcj3sjt126com
设计模式PHP
// 多态, 在JAVA中是这样用的, 其实在PHP当中可以自然消除, 因为参数是动态的, 你传什么过来都可以, 不限制类型, 直接调用类的方法
abstract class Tiger {
public abstract function climb();
}
class XTiger extends Tiger {
public function climb()
- hibernate
171815164
Hibernate
main,save
Configuration conf =new Configuration().configure();
SessionFactory sf=conf.buildSessionFactory();
Session sess=sf.openSession();
Transaction tx=sess.beginTransaction();
News a=new
- Ant实例分析
g21121
ant
下面是一个Ant构建文件的实例，通过这个实例我们可以很清楚的理顺构建一个项目的顺序及依赖关系，从而编写出更加合理的构建文件。
下面是build.xml的代码：
<?xml version="1
- [简单]工作记录_接口返回405原因
53873039oycg
工作
最近调接口时候一直报错，错误信息是:
responseCode:405
responseMsg:Method Not Allowed
接口请求方式Post.
- 关于java.lang.ClassNotFoundException 和 java.lang.NoClassDefFoundError 的区别
程序员是怎么炼成的
真正完成类的加载工作是通过调用 defineClass来实现的；
而启动类的加载过程是通过调用 loadClass来实现的；
就是类加载器分为加载和定义
protected Class<?> findClass(String name) throws ClassNotFoundExcept
- JDBC学习笔记-JDBC详细的操作流程
aijuans
jdbc
所有的JDBC应用程序都具有下面的基本流程： 1、加载数据库驱动并建立到数据库的连接。 2、执行SQL语句。 3、处理结果。 4、从数据库断开连接释放资源。
下面我们就来仔细看一看每一个步骤：
其实按照上面所说每个阶段都可得单独拿出来写成一个独立的类方法文件。共别的应用来调用。
1、加载数据库驱动并建立到数据库的连接：
Html代码
St
- rome创建rss
antonyup_2006
tomcatcmsxmlstrutsOpera
引用
1.RSS标准
RSS标准比较混乱，主要有以下3个系列
RSS 0.9x / 2.0 : RSS技术诞生于1999年的网景公司(Netscape)，其发布了一个0.9版本的规范。2001年，RSS技术标准的发展工作被Userland Software公司的戴夫 温那(Dave Winer)所接手。陆续发布了0.9x的系列版本。当W3C小组发布RSS 1.0后，Dave W
- html表格和表单基础
百合不是茶
html表格表单meta锚点
第一次用html来写东西,感觉压力山大,每次看见别人发的都是比较牛逼的 再看看自己什么都还不会,
html是一种标记语言,其实很简单都是固定的格式
_----------------------------------------表格和表单
表格是html的重要组成部分,表格用在body里面的
主要用法如下;
<table>
&
- ibatis如何传入完整的sql语句
bijian1013
javasqlibatis
ibatis如何传入完整的sql语句？进一步说，String str ="select * from test_table"，我想把str传入ibatis中执行，是传递整条sql语句。
解决办法：
<
- 精通Oracle10编程SQL(14)开发动态SQL
bijian1013
oracle数据库plsql
/*
*开发动态SQL
*/
--使用EXECUTE IMMEDIATE处理DDL操作
CREATE OR REPLACE PROCEDURE drop_table(table_name varchar2)
is
sql_statement varchar2(100);
begin
sql_statement:='DROP TABLE '||table_name;
- 【Linux命令】Linux工作中常用命令
bit1129
linux命令
不断的总结工作中常用的Linux命令
1.查看端口被哪个进程占用
通过这个命令可以得到占用8085端口的进程号，然后通过ps -ef|grep 进程号得到进程的详细信息
netstat -anp | grep 8085
察看进程ID对应的进程占用的端口号
netstat -anp | grep 进程ID
&
- 优秀网站和文档收集
白糖_
网站
集成 Flex, Spring, Hibernate 构建应用程序
性能测试工具-JMeter
Hmtl5-IOCN网站
Oracle精简版教程网站
鸟哥的linux私房菜
Jetty中文文档
50个jquery必备代码片段
swfobject.js检测flash版本号工具
- angular.extend
boyitech
AngularJSangular.extendAngularJS API
angular.extend 复制src对象中的属性去dst对象中. 支持多个src对象. 如果你不想改变一个对象，你可以把dst设为空对象{}: var object = angular.extend({}, object1, object2). 注意: angular.extend不支持递归复制. 使用方法: angular.extend(dst, src); 参数:
- java-谷歌面试题-设计方便提取中数的数据结构
bylijinnan
java
网上找了一下这道题的解答，但都是提供思路，没有提供具体实现。其中使用大小堆这个思路看似简单，但实现起来要考虑很多。
以下分别用排序数组和大小堆来实现。
使用大小堆：
import java.util.Arrays;
public class MedianInHeap {
/**
* 题目：设计方便提取中数的数据结构
* 设计一个数据结构，其中包含两个函数，1.插
- ajaxFileUpload 针对 ie jquery 1.7+不能使用问题修复版本
Chen.H
ajaxFileUploadie6ie7ie8ie9
jQuery.extend({
handleError: function( s, xhr, status, e ) {
// If a local callback was specified, fire it
if ( s.error ) {
s.error.call( s.context || s, xhr, status, e );
}
- [机器人制造原则]机器人的电池和存储器必须可以替换
comsci
制造
机器人的身体随时随地可能被外来力量所破坏,但是如果机器人的存储器和电池可以更换,那么这个机器人的思维和记忆力就可以保存下来,即使身体受到伤害,在把存储器取下来安装到一个新的身体上之后,原有的性格和能力都可以继续维持.....
另外,如果一
- Oracle Multitable INSERT 的用法
daizj
oracle
转载Oracle笔记-Multitable INSERT 的用法
http://blog.chinaunix.net/uid-8504518-id-3310531.html
一、Insert基础用法
语法：
Insert Into 表名 (字段1,字段2,字段3...）
Values (值1,
- 专访黑客历史学家George Dyson
datamachine
on
20世纪最具威力的两项发明——核弹和计算机出自同一时代、同一群年青人。可是，与大名鼎鼎的曼哈顿计划（第二次世界大战中美国原子弹研究计划）相 比，计算机的起源显得默默无闻。出身计算机世家的历史学家George Dyson在其新书《图灵大教堂》（Turing’s Cathedral）中讲述了阿兰·图灵、约翰·冯·诺依曼等一帮子天才小子创造计算机及预见计算机未来
- 小学6年级英语单词背诵第一课
dcj3sjt126com
englishword
always 总是
rice 水稻，米饭
before 在...之前
live 生活，居住
usual 通常的
early 早的
begin 开始
month 月份
year 年
last 最后的
east 东方的
high 高的
far 远的
window 窗户
world 世界
than 比...更
- 在线IT教育和在线IT高端教育
dcj3sjt126com
教育
codecademy
http://www.codecademy.com codeschool
https://www.codeschool.com teamtreehouse
http://teamtreehouse.com lynda
http://www.lynda.com/ Coursera
https://www.coursera.
- Struts2 xml校验框架所定义的校验文件
蕃薯耀
Struts2 xml校验Struts2 xml校验框架Struts2校验
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
蕃薯耀 2015年7月11日 15:54:59 星期六
http://fa
- mac下安装rar和unrar命令
hanqunfeng
mac
1.下载：http://www.rarlab.com/download.htm 选择
RAR 5.21 for Mac OS X 2.解压下载后的文件 tar -zxvf rarosx-5.2.1.tar 3.cd rar sudo install -c -o $USER unrar /bin #输入当前用户登录密码 sudo install -c -o $USER rar
- 三种将list转换为map的方法
jackyrong
list
在本文中，介绍三种将list转换为map的方法：
1） 传统方法
假设有某个类如下
class Movie {
private Integer rank;
private String description;
public Movie(Integer rank, String des
- 年轻程序员需要学习的5大经验
lampcy
工作PHP程序员
在过去的7年半时间里，我带过的软件实习生超过一打，也看到过数以百计的学生和毕业生的档案。我发现很多事情他们都需要学习。或许你会说，我说的不就是某种特定的技术、算法、数学，或者其他特定形式的知识吗？没错，这的确是需要学习的，但却并不是最重要的事情。他们需要学习的最重要的东西是“自我规范”。这些规范就是：尽可能地写出最简洁的代码；如果代码后期会因为改动而变得凌乱不堪就得重构；尽量删除没用的代码，并添加
- 评“女孩遭野蛮引产致终身不育 60万赔偿款1分未得”医腐深入骨髓
nannan408
先来看南方网的一则报道：
再正常不过的结婚、生子，对于29岁的郑畅来说，却是一个永远也无法实现的梦想。从2010年到2015年，从24岁到29岁，一张张新旧不一的诊断书记录了她病情的同时，也清晰地记下了她人生的悲哀。
粗暴手术让人发寒
2010年7月，在酒店做服务员的郑畅发现自己怀孕了，可男朋友却联系不上。在没有和家人商量的情况下，她决定堕胎。
12月5日，
- 使用jQuery为input输入框绑定回车键事件 VS 为a标签绑定click事件
Everyday都不同
jspinput回车键绑定clickenter
假设如题所示的事件为同一个，必须先把该js函数抽离出来，该函数定义了监听的处理：
function search() {
//监听函数略......
}
为input框绑定回车事件，当用户在文本框中输入搜索关键字时，按回车键，即可触发search():
//回车绑定
$(".search").keydown(fun
- EXT学习记录
tntxia
ext
1. 准备
（1） 官网：http://www.sencha.com/
里面有源代码和API文档下载。
EXT的域名已经从www.extjs.com改成了www.sencha.com ，但extjs这个域名会自动转到sencha上。
（2）帮助文档：
想要查看EXT的官方文档的话，可以去这里h
- mybatis3的mapper文件报Referenced file contains errors
xingguangsixian
mybatis
最近使用mybatis.3.1.0时无意中碰到一个问题：
The errors below were detected when validating the file "mybatis-3-mapper.dtd" via the file "account-mapper.xml". In most cases these errors can be d
