FoundationOne-CDx™ 技术文档

与MSK-IMPACT 不包含任何伴随诊断不同，F1CDx 可以用于5 种肿瘤类型（包括 NSCLC、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤）15种靶向治疗的伴随诊断。F1CDx 的检测结果分为3 类：1）与伴随诊断相关的检测位点，需要分析有效性评价，而且每个伴随诊断用途均需要进行临床有效性评价；2）具有明确临床意义证据的突变；3）具有潜在临床意义的突变，对于第二种和第三种仅进行分析有效性评价，临床有效性可通过文献指南等进行确认。

I.总体信息

NGS测序，癌症panel，somatic 及 germline 变异检测
批准日期：2017-11-30
EAP紧急授权：诊断疾病，突破性科技，有利于病人

II. 使用说明

F1CDx 是基于NGS的体外诊断试剂，用于检测324个基因的SNV/INDEL,CNAs，部分基因的重排，MSI 和 TMB。它作为一种伴随诊断产品可以检测表1中的突变，为病人的用药提供指导。

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V. 设备描述

F1CDx 可用于FFPE样本和肿瘤新鲜组织的检测。它可以检测324个基因，包括309个肿瘤相关基因的外显子区域，1个promoter区域，1个ncRNA，34个基因的内含子区域（用于检测基因重排），34个基因中的21个基因也涵盖检测外显子区域。测序平台为 Illumina® HiSeq 4000。

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1 生物信学分析

1、基础分析：1、BWA比对 2、Picard 去除PCR重复 3、GATK 局部比对
2、SNVs 分析：使用贝叶斯方法检测。根据热点先验概率，可提高热点检测的灵敏度。非热点：MAF>=5% ；热点MAF >=1%
3、Indels 分析：对 indels 周围的reads 进行局部组装。非热点：MAF>=5% ；热点MAF >=3%
4、CNAs 分析：使用 comparative genomic hybridization(CGH) 类似方法进行检测。分隔片段，利用SNPs的频率估计肿瘤纯度，估计拷贝数。ERBB2 拷贝数 >= 2
5、Rearrangements 分析：嵌合体的定义为reads 对比到不同的染色体，或者距离大于10Mb。未知融合：融合支持数 >=5；已知融合：融合支持和数 >=3
6、MSI 分析：95个内含子 homopolymer repeat loci 位点用于判断MSI。
7、TMB 分析：纳入TMB 计算的突变为 >=5% 频率的所有同义突变和同义突变。根据公共数据库 （dbSNP，ExAC）进行 germline 突变的初始过滤，剩余的突变使用 somatic-germline/zygosity(SGZ) 算法进行过滤。过滤驱动基因突变，排除偏倚。最终除以 793 kb，转换为Mb，获得TMB值。

2 系统内部质量控制

阳性控制（PC）

10个 HapMap 细胞系的混合，作为阳性参考品。100个不同的 germline SNPs 作为应检出的突变，如果预期的突变没有检出，则QC失败。

灵敏度参考品

阳性参考品中 5%-10% MAF的突变必须被检出作为灵敏度控制。

阴性控制（NC）

样品在文库构建阶段会添加 barcode 标签。有一套 SNP 分析流程能检测添加分子标签之前的潜在污染，预期将检测的污染水平低于 1%。

VI. 备选测试方法和流程

表5 列出了 FDA 已经批准的用于FFPE检测突变的伴随诊断试剂，可以用作 F1CDx 的对比方法。这些技术包括 FISH(荧光原位杂交)，IHC（免疫组化），CISH（显色原位杂交），ISH（原位杂交），PCR，NGS。

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VII. 市场销售历史

Foundation Medicine 最初设计和开发了 FoundationOne laboratory developed test(F1 LDT)，并于2012年用于商业检测。

VIII. 设备潜在的危险和不利影响

如果设备检测失败可能会给出不合适的医疗决策。出现 假阳性结果 的患者可能会使用上述声明中列出的一种疗法进行治疗，但却没有临床益处，可能会出现与治疗相关的不良反应。出现 假阴性结果 的患者可能不使用上述疗法进行治疗，也可能会推迟治疗。

IX. 非临床研究汇总

A.实验室研究

1.准确性和一致性分析

a. 与正交方法的比较

b. 与FoundationOne LDT 方法的比较

2.灵敏度分析

a. 最低检测限分析（LOD）

b. 空白检测限分析（LOB）

c. 肿瘤纯度分析

3.特异性分析

a. 干扰性物质

b. In silico 分析——杂交捕获特异性分析

4.交叉污染分析

5.精密度和可重复性分析

a. 试剂可重复性分析

b.测序仪可重复性分析

6.试剂可替代性分析

7.稳定性分析

a. 试剂稳定性分析

b.DNA稳定性分析

c.FFPE切片稳定性分析

8.实验室设备和试剂评估

a. DNA 扩增

b. DNA 提取

9.警戒带/健壮性评估

10.组织可行性分析

X. 主要的临床研究汇总

A. FoundationOne CDx 一致性研究——EGFR Exon 19del/L858R

B. FoundationOne CDx 一致性研究——EGFR T790M

C. FoundationOne CDx 一致性研究——ERBB2 (HER2)

D. FoundationOne CDx 一致性研究——ALK

E. FoundationOne CDx 一致性研究——KRAS

F. FoundationOne CDx 一致性研究——BRAF

F. FoundationOne CDx 一致性研究——FoundationFocus CDxBRCA for BRCA1 and BRCA2