0.2安装转录组相关软件

先更新python版本

参考：Ubuntu16.04系统查看已安装的python版本，及其配置

python --version #查看当前版本

当前版本

python3 --version

python3版本

安装最新3.7（可安装3.7.2）

sudo apt-get install python3.7

echo alias python=python3.7 >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

装miniconda

参考：conda的安装与使用（最新版）

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

不知道多线程符不符合规矩，反正直接下最高100kb/m，用迅雷下速度快的飞起...

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行

根据@卖萌哥的建议 将conda加入环境变量的时候选择no。

cd ~/miniconda3/bin

chmod 777 activate

. ./activate #俩点间空格

前面出现(base)后

conda list #查看安装列表

添加conda镜像源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ config --add channels [https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/](https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/)

conda config --setshow_channel_urls yes #显示安装的频道

conda config --get channels #查看已经添加的channels

gedit ~/.condarc #已添加的channel在哪里查看 我没装vim，只能gedite...

安装转录组分析软件**

安装软件

conda install samtools
conda install htseq
conda install hisat2
conda install fastqc
conda install -c daler sratoolkit #或
conda install -c jfear sratoolkit 

增加环境变量

mkdir ~/biosoft  #新建文件夹
#新建快捷方式
ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ~/biosoft
ln -s ~/miniconda3/bin/htseq ~/biosoft
ln -s ~/miniconda3/bin/hisat2 ~/biosoft
ln -s ~/miniconda3/bin/fastqc ~/biosoft
ln -s ~/miniconda3/bin/prefetch ~/biosoft #sratoolkit中但凡要使用的都必须做个链接

写入环境变量

sudo gedit ~/.bashrc 
#输入
export PATH=$PATH:~/biosoft

alias condaup = '. ~/miniconda3/bin/activate' #其实后面也用不到了的..

保存退出

conda deactivate

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突然发现了不通过conda直接下软件的好

https://www.jianshu.com/p/069a63ffa504