ChIP-Seq分析

Introduction to ChIP-Seq using high-performance computing https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/schedule/2-day.html
ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程 https://www.jianshu.com/p/09e05bcd6981
ChIP-seq流程结果文件解读 https://www.cnblogs.com/leezx/p/14897113.html
Sample GSM4212624 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM4212624
Chip-seq的22个疑问——【Jimmy】 https://www.jianshu.com/p/e10b951959bb
ATAC-seq 分析（上） https://www.jianshu.com/p/b7bd87315b6e

注意：MultiQC合并超过100个report时，网页版不再是鼠标放置显示名称及信息
Bowtie2使用方法与参数详细介绍 https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77847384

如何得到unique mapping reads

Bowtie2 manul也说了，MAPQ筛选即可
HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads https://www.jianshu.com/p/bc3751b72f0c
怎么获取unique mapping read？ http://www.biotrainee.com/thread-1115-1-3.html
如何从bam文件提取unique mapping reads呢? http://www.360doc.com/content/21/0714/12/76149697_986499744.shtml

去除PCR重复

samtools官网manual http://www.htslib.org/doc/samtools-markdup.html

samtools collate -o namecollate.bam example.bam
samtools fixmate -m namecollate.bam fixmate.bam
samtools sort -o positionsort.bam fixmate.bam
samtools markdup positionsort.bam markdup.bam                  # 加上参数-r直接去掉duplicate，或者-F 0x400筛选也行

Sambamba也是一个简便的工具，但现在github打不开，根据位置sort后去重和positionsort.bam去重，最后得到的reads数不一样，前者和picard MarkDuplicates一样，后者和samtools markdup一样，可能与sort前对bam文件的处理有关。

关于duplicate是什么的一些理解

MarkDuplicates 的意义与作用 https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079103
NGS测序中PCR重复序列的判定方法 https://cloud.tencent.com/developer/article/1624512
去重工具到底哪家强 https://www.baidu.com/link?url=MsFZBf4aY9tTitKMN3DX75Fo_J_mI620xmZGYdeSJ9iRgsaucUXQGdSyr0xbCDk-IMGlW45qao5QbOe4YpBxndqpjMiH0MEMNVrIA-UWj9_&wd=&eqid=da5d7cce0006e415000000056124a11b
NGS测序结果中duplicate序列问题的理解 https://blog.csdn.net/ncyujijian/article/details/107371264
NGS数据的Duplication问题 http://blog.sina.com.cn/s/blog_69e75efd0102wu57.html
测序的PCR duplicates - I（转载） https://www.jianshu.com/p/73483070379b

MACS2 callpeak

github上的一些问题讨论 https://github.com/macs3-project/MACS/issues
-f BAMPE 输出无_model.r

image.png

Q: Peakcalling using -f BAMPE vs -f BAM on paired-end reads https://github.com/macs3-project/MACS/issues/456
BAMPE #92 https://github.com/macs3-project/MACS/issues/92

IDR (Irreproducible Discovery Rate)

使用IDR软件处理生物学重复样本的peak calling https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079783
CHIP-seq流程学习笔记（9）-使用IDR 软件对生物学重复样本间的差异peak进行提取 https://blog.csdn.net/xiaomotong123/article/details/116535067

deeptools

如何使用deeptools处理BAM数据 https://www.jianshu.com/p/b494426ecd32
使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图 https://www.jianshu.com/p/1f38674b2475
bigwig归一化方式详解 https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079478
使用deeptools将bam文件转换为bw文件 https://www.jianshu.com/p/491557586118

ChIPseeker

【YuLabSMU】ChIPseeker被引超过1千
"input object should be a named list" error in ChIPseeker https://support.bioconductor.org/p/106903/
非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/#disqus_thread
植物构建txdb对象 https://www.jianshu.com/p/4a92ce5174fb
学习一遍ChIPseeker的使用 https://www.jianshu.com/p/c76e83e6fa57

分析流程

ChIP实验操作以及Chip-seq数据分析 https://www.jianshu.com/p/4f29f2afe3c0?utm_campaign=haruki
MACS2学习笔记 https://www.jianshu.com/p/ceace75a3dcf?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=seo_notes&utm_source=recommendation
[软件使用 3] 使用MACS2分析ChIP-seq数据，快速入门！ https://zhuanlan.zhihu.com/p/90180058
第3篇：用MACS2软件call peaks https://www.jianshu.com/p/21e8c51fca23
一篇文章学会ChIP-seq分析（上） https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484370&idx=1&sn=3e29df3b621076bd1d33a8ec157858e5&scene=21#wechat_redirect
一篇文章学会ChIP-seq分析（下） https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484372&idx=1&sn=30ad9c4c54f3967000af059eb7a38ace&scene=21#wechat_redirect
一文学会ChIP-Seq数据分析（想想也不可能） https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA%3D%3D&mid=2247484614&idx=1&sn=196eda169967ef66c62f1bcc61d57194&scene=45#wechat_redirect
ChIP-Seq数据中包含了spike-in怎么分析
Chip-Seq 分析过程二 https://www.jianshu.com/p/66a6eabd2519
每日一生信--FastUniq去除pairedreads的duplicates http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101lqat.html