GROMACS-20190227

最近在学习分子动力学，先从GROMACS开始。

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GROMACS中的一些重要文件

1：Molecular Topology file (.top)¶，分子拓扑文件（.top）

分子拓扑文件由程序gmx pdb2gmx生成。 gmx pdb2gmx将任何肽或蛋白质的pdb结构文件转换为分子拓扑文件。 此拓扑文件包含肽或蛋白质中所有相互作用的完整描述。

2：Molecular Structure file (.gro, .pdb) 分子结构文件（gro,pdb）

当执行gmx生成分子拓扑文件时，它还将结构文件（pdb文件）转换为GROMOS结构文件（gro文件）。 pdb文件和gromos文件之间的主要区别在于它们的格式以及gro文件中拥有速度。 如果您不需要速度，可以在所有程序中使用pdb文件。 为了在肽周围产生一盒溶剂分子，使用程序gmx溶剂化物。 首先，程序editconf用于定义一个分子周围适当大小的盒子。 solvate 则将溶质分子溶剂化，溶剂化的输出文件是在溶剂化之后的肽的结构文件。 

3：Molecular Dynamics parameter file (.mdp)¶ 分子动力学参数文件

分子动力学参数（mdp）文件包含有关分子动力学模拟本身的所有信息，例如 时间步长，步数，温度，压力等。

4：Index file (.ndx)¶（索引文件）

有时可能需要索引文件来指定对原子组的操作（例如温度耦合，加速度，冻结）

5：Run input file (.tpr)¶ 输入文件

下一步是将分子结构（gro文件），拓扑（顶部文件）MD参数（mdp文件）和（可选）索引文件（ndx）综合以生成运行输入文件（tpr扩展名）。 此文件包含使用GROMACS启动模拟所需的所有信息。 gmx 程序会处理所有输入文件并生成tpr文件。

6：Trajectory file (.trr, .tng, or .xtc)¶ 轨迹文件

一旦运行输入文件生成并且可用，就可以开始模拟了。 开始模拟的程序称为mdrun（或者有时是mdrun_mpi）。为了开始运行，需要的gmx mdrun的唯一输入文件是运行输入文件（tpr文件)，其典型输出文件是轨迹文件（trr文件），日志文件（log文件），也许是检查点文件（cpt文件）