Conda的安装与使用（Linux版）

<<写在前面>>

Conda is an open-source package management system and environment management system.

通俗讲，conda是一个用来管理包和环境的管理系统。这里的“管理”包括：创建环境、切换环境、删除环境等、安装包、卸载包、更新包等。

使用场景1：当某个软件的安装过程需要root权限，而你又没有管理员权限时，就可以优先考虑使用conda install安装。

使用场景2：当某个项目所需的某个软件只支持在指定的python3.X版本下才能安装，而你目前没有这个版本的python，又不想卸载原有的python版本去重新安装一遍python3.X，此时就可以使用conda先创建一个包含python3.X的虚拟环境，然后在指定的环境下安装所需要的软件。

注意：当使用conda install无法进行安装时，可以使用pip进行安装。pip只能安装到当前环境，如果要安装到其他环境，要先切换到目标环境。

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1.从官网下载Anaconda的安装包

https://repo.anaconda.com/archive/

注意：有不同系统(mac, linux, windows) 和不同版本可选，推荐选择当前最新版本。

$ mkdir -p /dellfsqd2/ST_LBI/USER/myname/app/conda/

$ cd /dellfsqd2/ST_LBI/USER/myname/app/conda/

$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

2. 验证下载的完整性

$ sha256sum Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

a7c0afe862f6ea19a596801fc138bde0463abcbce1b753e8d5c474b506a2db2d

注意：将得到的哈希值与官网提供的哈希值进行对比(https://docs.continuum.io/anaconda/install/hashes/all/)，如果一致，说明下载到的shell文件是完整的。

3.安装Anaconda

$ sh Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

持续按回车键，

中途需要停顿2次，

一次需要输入“yes”，

一次需要输入安装路径"/dellfsqd2/ST_LBI/USER/myname/app/conda/anaconda3/"

直到出现“Thank you for installing Anaconda3!”字样，代表安装成功。

4.初始化Anaconda

$ source /dellfsqd2/ST_LBI/USER/myname/app/conda/anaconda3/bin/activate

$ conda init

5.验证conda安装成功

以下方法三选一

$ conda -V

$ conda -h

$ conda list

conda 4.12.0

6.使用conda管理环境

6.1 查看所有环境列表

带有星号*的代表当前所处的环境

$ conda info --envs

# conda environments:

#

base * /dellfsqd2/ST_LBI/USER/myname/app/conda/anaconda3

6.2 创建一个新环境

例1.  创建一个名为“snowflakes”的新环境

$ conda create --name snowflakes

例2. 创建一个名为“snakes”的新环境，其中包含 Python 3.9

$ conda create --name snakes python=3.9

例3. 创建python=3.7版本的环境，取名叫py37

$ conda create -n py37 python=3.7

6.3 激活/进入新环境

$ conda activate (环境名)

例1：$ conda activate snowflakes

例2：$ conda activate snakes

例3：$ conda activate py37

(py37) 行前括号内容改变为目标环境名就是成功了。

6.4 退出环境

$ conda deactivate

6.5 删除环境

$ conda remove -n py37 --all

6.6 验证当前环境中的 Python 版本

$ python --version

Python 3.9.12

6.7 停用当前环境并返回base环境

$ conda activate

7.使用conda管理包

7.1 安装包

安装到当前环境

 $ conda install (包名)

例1：$ conda install tk

例2：$ conda install -c bioconda segemehl

安装到指定环境

$ conda install --name (环境名) (包名)

例：$ conda install --name py37 tk

7.2 验证包是否安装成功

$ conda list segemehl

# packages in environment at /dellfsqd2/ST_LBI/USER/myname/app/conda/anaconda3:

#

# Name                    Version                  Build  Channel

segemehl                  0.2.0                        0    bioconda

7.3 卸载包

卸载当前环境中的指定包

$ conda remove (包名)

卸载指定环境中的指定包

$ conda remove --name (环境名) (包名)

7.4 更新指定包

$ conda upgrade (包名)

或 

$ conda update (包名)

8. Conda版本升级

当有更新版本的conda可用时，屏幕会打印出如下提示语:

==> WARNING: A newer version of conda exists. <==

current version: 4.12.0

latest version: 22.9.0

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

$ conda update -n base -c defaults conda

$ conda -V 

# conda 22.9.0

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欲知更多：

https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html