可免费画基因图谱的在线工具-MG2C

之前偶然的一次机会，感觉修改代码画基因图谱入门比较困难，入MapChart和MapDraw。这两个工具，如果你会修改代码了，使用起来还是非常方便，个性化修改图谱也是非常好用的。

单纯想让画基因图谱变的简单一些，自己就用Perl+SVG的方式开放了一个软件。最初的软件功能非常简单，有基因位置信息和染色体长度，直接就把图谱标注出来也没有刻度尺。

在使用过程中，发现这些功能还不够，需要再增加点，再增加点，最后就形成了MG2C 2.0(http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/)和2.1(http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.1/). 直接使用最新版，网址可使用http://mg2c.iask.in，会自动跳转至最新版。

2.0和2.1的区别就在于，2.1可以对基因进行简单的颜色标注；2.0则无此模块。

下面这张图是MG2C 2.0的效果图

下面这张图是MG2C 2.1的效果图

下面针对2.1版本软件的参数如何调整，碰到哪些情况如何解决。

（1）令我意外的是，大家问的最多的问题是“如何将做好的SVG图保存到本地电脑？”。

（2）如何理解SVG container与single chromosome container ？

答：SVG container的参数预先设定了整个基因图谱的最大尺寸，若基因图谱出现染色体过界的情况，适当增加SVG container的height和width即可解决；而single chromosome container预先定义了单个染色体的最大尺寸，如果染色体显示不完整的情况，可通过增加该部分的height和width来解决。

（3）如何理解gene lines下的type参数？

答：type这里是指基因线标注的位置类型，可设为1或2，其中1代表基因线标注在基因开始与结束位置的正中间；2代表基因的开始位置与结束位置同时显示。

（4）如何理解gene lines下的gene_display_type 参数？

答：该参数预设了五种基因位置信息展示样式：1，基因在染色体两侧等量交错显示，奇数在左边，偶数在右边；2. 所有基因显示在左侧，且不显示基因位置信息；3.所有基因显示在右侧，且不显示基因位置信息；4. 所有基因在左侧，在右侧显示基因位置信息；5.所有基因展示在右侧，基因位置信息展示在左侧。默认值为1，即基因在染色体两侧交错显示。现在回头看一下，这一参数放在gene lines下不是很妥当，应该放在gene id下更为合适。。

（5）如何为不同基因标注颜色？

答：这个功能只在MG2C-2.1中可以用。可以通过基因位置信息文件中的第5列字段添加颜色信息来实现。支持类似“black”“red”“gray”等颜色单词或者网页颜色代码“#00dd00”。

（6）若gene id与染色体之间的空隙感觉有点大了，如何减少？可通过增加或减少 gene id下方的margin参数进行调整。

（7）若基因名称过于密集，黑乎乎一片，出现了重叠，如何解决？软件已设定了一些参数，可以避免gene id之间的重叠。若依然出现了重叠，可以通过增加chromosome下的height参数值。注意：single chromosome container中的height始终要大于chromosome的height值，建议>=100。这里涉及尺寸的单位，均为像素pix。所以调整了chromosome的height，记得同时调整chromosome container中的height值，否则可能 出现部分染色体不显示的情况。

上面说了一些紧要的事情，后面再说一下在线工具的每一项参数的具体意义，如果上面就能解决您所碰到的问题，下面的内容完全可以省略。

首先对高频次的长单词进行简化：染色体=Chr=chromosome;

连线= connection between gene id and gene line，这是基因名称与基因位置线之间的连线。

到这里，软件的相关介绍就结束了。

题外话：MG2C的工具功能很简单，就是在线画图，没想到这么受大家的欢迎。目前软件已稳定运行超过3年了，有效使用记录近4万，独立IP已有2万多，以国内为主，还有不少国外的朋友。谢谢大家的捧场。

写软件纯粹是个爱好，把工作碰到的问题记录下来，闲下来就在想看能不能用程序的方式解决，是否值得与大家共享。零零散散写了几十个工具，多数都是自己能用，没空单独整理。

下一步计划，工作中碰到基因在不同时间段有基因表达变化，如何将每个基因的变化趋势用一张小图表示出来，且能批量展示。EXCEL可以放在一张图里展示所有基因的变化趋势，不是自己想要的。用Perl+SVG也做了一个工具，可以实现，看后期是整理成在线工具，还是单机工具。先看下效果图吧，目前只是第一版，还在完善中，后续会整理出来进行分享。