1. 如果有conda则忽略本条，如果没有conda，先安装conda，强烈建议。
2. 创建conda环境（因HiC-Pro需要python版本>=3.7,所以选择安装3.9的版本）
conda create -n python39 python=3.9
这样就为HiC-Pro单独设置了一个环境，启动用如下命令：
Conda activate python39
退出用如下命令：
Conda deactivate
删除用如下命令：
Conda remove –n python39 –all
3. 启动环境：
Conda activate python39
４. 安装依赖包：
conda install -y pysam bx-python numpy scipy
conda install -y R
（此时并没有报错）
5. 下载HiC-Pro 软件并安装
从github下载最新版的HiC-Pro到本地服务器（HiC-Pro-master.zip）
地址：
解压：
unzip HiC-Pro-master.zip
进入文件夹：
cd HiC-Pro-master
安装：
make configure
make install
在make configure时，报了很多错误：
(python39) [jyu@localhost HiC-Pro-master]$ make configure
make -f ./scripts/install/Makefile CONFIG_SYS=./config-install.txt
make[1]: 进入目录“/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master”
./scripts/install/install_dependencies.sh -c./config-install.txt -p /usr/local/bin/ -o /usr/local/bin//HiC-Pro_3.0.0 -q
Make sure internet
connection works for your shell prompt under current user's privilege ...
Starting HiC-Pro installation ...
Checking dependencies ...
Checking Python libraries ...
Traceback (most recent call last):
File"/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/tmp/../scripts/install/check_pythonlib.py",line 27, in
import bx.intervals
ModuleNotFoundError: No module named 'bx.intervals'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File"/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/tmp/../scripts/install/check_pythonlib.py",line 31, in
raise ImportError('Error -bx-python cannot be imported')
ImportError: Error - bx-python cannot be imported
Can not proceed without
the required Python libraries, please install them and re-run
make[1]: *** [configure] 错误1
make[1]: 离开目录“/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master”
make: *** [configure] 错误 2
貌似是bx-python没有装好，重新用conda
install –y bx-python，也没有解决，然后根据提示用pip 重新进行了安装（提示哪个没有，就安哪个）
pip install bx-python
pip install scipy
pip install pysam
pip install iced
pip install pandas
然后：
make configure
除了一条警告信息外再没有报错，继续：
make install
(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o build_matrix/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/build_matrix.cpp; mvbuild_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)
(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o cutsite_trimming /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/cutsite_trimming.cpp;mv cutsite_trimming /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)
cp -Ri /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master
/usr/local/bin//HiC-Pro_3.0.0
cp: 无法创建目录"/usr/local/bin//HiC-Pro_3.0.0":权限不够
提示权限不够，用sudo命令解决：
sudo make install
[sudo] password for jyu:
(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o build_matrix/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/build_matrix.cpp; mvbuild_matrix /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)
(g++ -Wall -O2 -std=c++0x -o cutsite_trimming/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts/src/cutsite_trimming.cpp; mvcutsite_trimming /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/scripts)
cp -Ri /data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master/usr/local/bin//HiC-Pro_3.0.0
HiC-Pro installed in /usr/local/bin/HiC-Pro_3.0.0 !
这样就安装成功了
6. 输出环境变量：
用如下介绍中的第二种方法输出环境变量：
一、设置变量的三种方法
1 、在 /etc/profile文件中添加变量【对所有用户生效(永久的)】
用VI在文件/etc/profile文件中增加变量，该变量将会对Linux下所有用户有效，并且是“永久的”。
例如：编辑/etc/profile文件，添加CLASSPATH变量
# vi /etc/profile
export CLASSPATH=./JAVA_HOME/lib;$JAVA_HOME/jre/lib
注：修改文件后要想马上生效还要运行# source /etc/profile不然只能在下次重进此用户时生效。
2 、在 用户目录下的.bash_profile文件中增加变量【对单一用户生效(永久的)】
用VI在用户目录下的.bash_profile文件中增加变量，改变量仅会对当前用户有效，并且是“永久的”。 这种方法更为安全，它可以把使用这些环境变量的权限控制到用户级别,这里是针对某一个特定的用户，如果你需要给某个用户权限使用这些环境变量，你只需要修改其个人用户主目录下的.bash_profile文件就可以了。通常.bash_profile和.bashrc认为效果一样，也就是此处在 .bashrc中增加环境变量也行。
例如：编辑guok用户目录(/home/guok)下的.bash_profile
$ vi /home/guok/.bash.profile
添加如下内容：
export CLASSPATH=./JAVA_HOME/lib;$JAVA_HOME/jre/lib
注：修改文件后要想马上生效还要运行$ source
/home/guok/.bash_profile不然只能在下次重进此用户时生效。
3 、 终端直接运行export命令定义变量【只对当前shell(BASH)有效(临时的)】
在shell的命令行下直接使用[export 变量名=变量值] 定义变量，
如：$ exportHELLO="Hello!"
该变量只在当前的shell(BASH)或其子shell(BASH)下是有效的，shell关闭了，变量也就失效了，再打开新shell时就没有这个变量，需要使用的话还需要重新定义。
vi /data/jyu/.bash.profile
添加如下内容：
export PATH=$PATH:/data/jyu/programe/soft/HiC-Pro-master/bin
source /data/jyu/.bash.profile
这样在新的shell中也可以用了。