RBP AS生信流程(N)cytoscape构建RBP调控可变剪接网络

输入文件:
1.RBP与AS相关性文件allcorResult.txt:


allcorResult

2.节点属性文件nodeType.txt(构建方法在脚本提取节点名.R里):


nodetype

方法:
将allcorResult.txt导入cytoscape,source node选SF,target node选AS,interaction type选regulation:


选择属性

导入后在左边的sytle选择biopax_sif。
将节点属性文件nodeType.txt导入,在左边style-edge-color(unselected)里选择,负调控选绿色(0,255,0),正调控选红色(255,0,0)。width选择2
最后在node里调整形状(shape)、大小、颜色,AS为圆形,RBP为三角形,AS为粉色(255,205,205),RBP为(130,130,255)。label font size里,AS为10,RBP为15。

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