序列比对软件 MUMmer 结果文件解读（三）

该系列主要介绍了 MUMmer 软件下核苷酸序列比对程序 nucmer 的使用，计算操作见前两篇推文；

序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）

序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）

这一块主要解释一下比对的结果文件 .delta 如何解读；

delta file 表示 NUCmer pipeline 下所有 alignment 的编码表示，该软件还设计了一系列程序，通过以 .delta 文件作为输入，从而输出一些可读的结果。

delta file 主要包含每个 alignment 的坐标，并强调这些 alignments 中包含的 insertions 或 deletions 之间的距离；

以下图为示例，简单解释一下每一行的内容：

示例 .delta 文件内容

第一行：展示了 query 和 reference 基因组文件的位置，这里我隐去了；

第二行：指定了 alignment 数据类型，即 "NUCMER" 或 "PROMER"；

第三行：4 个词分别代表 ref 的 fastaID，qry 的 fastaID，ref 序列长度，qry 序列长度；

第四行：第一组 alignment 结果，指定两个对齐序列，后续每一组对齐都有这么一个 header，并描述对齐的坐标和一些错误信息；如果起始坐标大于结束坐标，则表明对齐是在反链上；前 4 个值分别表示 reference 中的起点和终点，以及 query 中的起点和终点；后 3 个值分别表示错误数（non-identities + indels），相似错误（non-positive match scores），终止密码子（NUCMER为0）；

第五行始：每一个数字表示一个插入或确实，正值 query 相较于 reference 存在缺失，负值表示插入，0 表示该组 alignment 结束；数字坐标叠加表示，比如：上图中 query 第一个缺失的位置为 32，第二个缺失的位置为 32+27，第三个缺失的位置为 32+27+1，以此类推；

但是，在实际应用在，该结果需要进一步处理才能生成更加可读的结果，下一篇就介绍一下 delta-filter、mapview、mummerplot、show-aligns、show-coords、show-snps 等操作。

序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）

要是觉得有用可以登录一下账号，点个赞，以表支持！