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MBE|比较基因组分析突出转座子介导的基因组扩张和棉花 3D 基因组折叠的进化结构

转座子 (TE) 扩增已被认为是介导基因组大小扩展和进化的驱动力，但在植物中塑造 3D 基因组结构的后果在很大程度上仍然未知。在这里，我们使用牛津纳米孔技术报告了基因组大小为 3 倍的三种棉花的参考级基因组组装，即圆叶棉 (K2)、G. arboreum (A2) 和 G. raimondii (D5)。比较基因组分析记录了导致基因组大小差异（K2，2.44 Gb；A2，1.62 Gb；D5，750.19 Mb）的谱系特异性 TE 扩增的细节，并表明基因组之间相对保守的基因含量和同线性关系。我们发现大约 17% 的同线基因在活性 (“A”) 和非活性 (“B”) 区室之间表现出染色质状态变化，并且 TE 扩增与基因区域中 A 区室比例的增加有关（~7,000 个基因) 在 K2 和 A2 中相对于 D5。在三个基因组中，只有 42% 的拓扑关联域 (TAD) 边界是保守的。我们的数据表明，在谱系特异性 TAD 边界形成后，最近 TE 的扩增。这项研究阐明了转座子介导的基因组扩增在植物高级染色质结构进化中的作用。
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