斑马鱼CUT&Tag分析遇到的问题

  • 第一个,在画Heatmap时,在computeMatrix步,没有现成的参考基因组bed
    解决方法:[参考以下链接的方法][http://xuchunhui.top/2020/11/05/%E4%B8%BAdeepTools%E7%9A%84computeMatrix%E5%88%9B%E5%BB%BAgene.bed%E6%96%87%E4%BB%B6 ] 得以解决,最终用的现成的gene.bed
    https://github.com/saketkc/gencode_regions/blob/master/data/GRCz11/v96/gene.bed.gz
  • 第二个,在最后用chipeeker annotation时,一直报错,最后找出来的原因是因为一开始bowtie2 mapping的基因组参考文件用的是Ensemble的,注释时用的TxDb用的是UCSC的,两者的注释编号不一样,导致的报错。所以又重新mapping,用UCSC的参考文献。最后所有的问题都解决。最终这是一个很好的经验。注释文件的的基因组信息一定要统一。

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