基因组||基因组共线性之Mummer画图

Mummer详细介绍转至参考:
https://www.jianshu.com/p/2e184e5c15b7
https://www.jianshu.com/p/c12f2a117892
https://wenku.baidu.com/view/ba1f0dd452d380eb63946d3e.html?fr=search-1-wk_es_paddle-income1-psrec1&fixfr=JLOnLdSq1hacvZk313XCkA%3D%3D

github地址：https://github.com/mummer4/mummer
sourceforge下载： http://mummer.sourceforge.net/

什么是共线性？

移步至：https://www.jianshu.com/p/da5922df19d1

共线性有什么用？

此处只展示基因组共线性常用的需求：
我们做项目一般是做基因组共线性，根据近缘物种的染色体编号调整我们正在做的基因组r染色体编号。如果没有已发表的物种，则从大到小排列。
基因共线性则是作cicos图，物种内或者屋中间进行比较。
继续整理中：

基因组共线性怎么做？

1.nucmer比对画图：

nucmer关注序列的相似之处，所以它允许重排，倒置和重复现象

/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/nucmer  -t 50 --mum A.fa B.fa 
# a为ref基因组
/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/delta-filter -i 90 -l 10000  -q out.delta >out.delta.filter
##过滤 l 表示长度，i表示相似度，可以根据情况调整，让图片看起来不那么乱

/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/mummerplot --png -p 10k out.delta.filter
#过滤后画图，png 

#可以生成pdf图片
convert -quality 200 -density 400 test_plot.png test_plot.pdf #方法1：直接 convert转换
/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/mummerplot -p 10k out.delta.filter  -t postscript
ps2pdf 10k.ps 10k.pdf #方法2，但是图片效果会跟png有出入

nucmer 参数详解：

默认是ref是唯一，加上 --mum ref和query都是唯一的

mummerplot参数详解：

参数说明：
--filter 保留最佳比对，1对1，见下图更好辨别
--large 图片上字体和点更小
--png 参数里面没看见，但是不用这需要调用X11。。。。迷惑中
-x|xrange 指定范围
-y|yrange `

我经常忘记只保留染色体部分进行比对，最后图片很丑，可以再比对后过滤保留染色体，再画图。
一般基因组开头几个都是染色体序列，按照顺序排列，但是也有个别不是这个套路。。。图中最终的染色体编号顺序跟输入fa里面的排列顺序是一样的。

调整画图顺序

如果比对完想抢救一下，下面plot 那里-R-Q 里面格式化排列输出fa就可以了（或者给一个VS.txt文件，包含序列id，长度和方向），如果要重新比对，比对前就格式化fa一下哦`。
1.类似于这种提取格式化序列

grep Chr Lachesis_assembly_changed.fa.fai|cut -f1 >id
cat  Chr.id |perl -lane ' print "echo ${_} >${_}.id"'|sh
cat Chr.id | perl -lane ' print " perl /share/nas1/pengzw/script/tools/abstract_fasta_seq_by_id.v1.1.pl -i ${_}.id -fa Lachesis_assembly_changed.fa -o ${_}.fa  "'|sh

VS文件写法：

grep Chr Lachesis_assembly_changed.fa.fai |cut -f1,2 |awk '{print $1"\t"$2"\t+"}' >r.file

f122881b2690b6d37ae715a4bee453a.png


/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/nucmer  -t 50 --mum A.genome.fa B.genome.fa 
# a为ref基因组，A.genome.fa为基因组所有序列，A中fa序排列顺序指定了图片上的输出顺序，可以根据需求更改。

/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/delta-filter -i 90 -l 10000  -q out.delta >out.delta.filter
/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/mummerplot --png  -p test out.delta.filter -R A.genome.Chr.fa  -Q B.genome.Chr.fa 
#A.genome.Chr.fa 只有染色体序列 (我最近学习的展示方式)
/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/mummerplot --png  -p test out.delta.filter -R r.rfile   -Q q.qfile

图片解读：横坐标是ref，纵坐标是query，不要给反了，最后图片呈现“/”表示与参考染色体方向一致，“\”表示方向相反。

/home/user/MUMmer/MUMmer4.0/bin/mummerplot --png  -p test out.delta.filter -R A.genome.Chr.fa  -Q B.genome.Chr.fa  --small 默认画图

small.png

--large 画图，字体和点线都变小了

large.png

--filter画图效果：

10k_filter.png

ps2pdf 画图效果：

ps2pdf.png

2.以人类可读方式具体的比对信息：

show-coords -r out.delta.filter> out.delta.filter.coord
# -r：以refID排序
-q，以queryID排序
-l          Include the sequence length information in the output
-c          Include percent coverage information in the output