Linux 下安装R包的几种方式

直接在 Linux 安装 R 是非常复杂以及具有挑战性的，因此，我们通过 anaconda 构建虚拟环境，在虚拟环境中安装 R。Linux 下 R 安装方法可以参考下边的文章，安装好后，可以直接在虚拟环境运行 R，并安装 R 包。由于不同 R 包之间的相互依赖关系以及系统配置问题，安装 R 包时会出现各种各样的奇葩报错，这里我总结了几种 R 包的安装方式。

conda配置R虚拟环境并安装monocle包_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客_conda安装r包

1. 传统安装方式，在线安装

# 检查 R 包在R官网还是在 Bioconductor 网站
# 进入R
R
install.packages("packagename")
BiocManager::install("packagename")

2. 下载源码包，本地安装，有两种形式的源码，一种是需要编译（package source），一种是编译好的（macOS binaries），直接下载解压缩即可

# 下载源码-package source，Linux 下安装
wget http/the/web/of/packagename
R CMD INSTALL packagename

# 下载源码-macOS binaries，直接解压缩到 R/library 目录
# 这种方式虽然简单，但运行起来很可能报错

3. 通过 conda 安装。在https://anaconda.org/  搜索包的名字会直接安装命令，在 Linux 中运行代码即可

或

# 非虚拟环境运行，查找R包
anaconda search -t conda r-ggplot2
# 显示该包的chanel
anaconda show BioBuilds/r-ggplot2
# 根据提示，虚拟环境下安装R包
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2