R Seurat subset 报错 Errors "No cells found"

参考: https://github.com/satijalab/seurat/issues/1511

好久没更新了,进来发现呜呜有一个关注和一个点赞,实在太随意的更新,还能有人喜欢和点赞,感动!!

1.问题

今天重新找到一篇文章的code, 准备copy它的代码进行分析,发现跑到subset那个代码时,发现报错了
哎想不通啊
然后记得以前遇到过这个问题,然后这次又碰到了,实在给忘了当时怎么解决的,然后就百度呀,发现真得也有同样的人遇到这个问题,我就记录下,给自己方便,也给他人方便。

2. 解决办法

github上提供的解决办法

其实就是active.ident不是factor变量,且这个变量的行名不是细胞名字,所以就没法subset啦
成功解决啦

  [email protected] <- factor([email protected])
  names([email protected]) <- colnames(temp)
  print(dim(temp))
  temp <- subset(temp,  subset = nCount_RNA < 50000 &  nFeature_RNA < 6500 & nFeature_RNA > 500  & percent.rp < 5 & percent.mt < 5 )

写在后面啦
今天买的小林漫画的2023年日历到了,好开心呀,以下封面文字也送给看到这篇博文的你们啦
希望时光与爱 幸运常在!!


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