2021-01-04 IQ-TREE2 快速构建进化树

不知不觉又过了一年，人总是容易懈怠和疲倦，但是每次想起来，还是之前认认真真学习记录的时候最踏实。
今天记录一下IQ TREE的使用

其实IQtree的网站做的很好，很方便学习：http://www.iqtree.org/#download

主页

他们的网站还提供了在线构建进化的功能，通过web server 实现

我这里下载一个windos的练习一下

点击download for windos

下载下来之后，解压，然后设置环境变量

文件夹里面的内容

主要的执行程序在bin文件夹中

执行程序

这里通过网上的教程http://www.iqtree.org/doc/Quickstart#iq-tree-web-server
先用example data 来试运行一下：

测试命令

中间的运行过程的参数会显示在屏幕上并记录下来，在不设置其他参数的情况下，他会自动比较计算各个模型：

结果

结果主要是这四个文件，树的文件为treefile结尾的

这个是文件夹中产生的文件：

产生的文件

接下来讲一下几个重要的参数：

1

  iqtree -s example.phy

这个就是刚刚最原始的 直接出最佳模型的结果

Infer maximum-likelihood tree from a sequence alignment (example.phy) with the best-fit model automatically selected by ModelFinder

2

iqtree -s example.phy -m GTR+I+G

指定构建进化树的模型

Infer maximum-likelihood tree using GTR+I+G model

3

  iqtree -s example.phy -m MF

只找最佳模型，不进行下游分析

Perform ModelFinder without subsequent tree inference:

4

  iqtree -s example.phy -B 1000 -alrt 1000

多功能一体

Combine ModelFinder, tree search, SH-aLRT test and ultrafast bootstrap with 1000 replicates:

其他还有很多的功能，仔细阅读说明，

最后，由于这个软件融合了作者的多篇文献，涉及算法等，所以要引用多篇涉及的文献，这些注意事项在网站上都有说明