关于KEGG报错问题的解决

一：最近，KEGG用起来会出现报错，如下所示：

fail to download KEGG data...
Error in download.KEGG.Path(species) : 
  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...
In addition: Warning message:
In utils::download.file(url, quiet = quiet, method = "libcurl",  :
  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

 网上也有很多比较好的，也可能行之有效的方法，比如：

1. 建明老师的方法是：

library(R.utils)

R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto')

2.Y叔的：

options(clusterProfiler.download.method = "wininet")

3.或者改用其他下载方式：

目前的下载方式有“internal”、“wininet”（仅限Windows）、“libcurl”、“wget”和“curl”，其中有一个值“auto”：参见‘Details’和‘Note’。

由于的作者在linux上运行R，所以

options(clusterProfiler.download.method = "wget")

然后成功运行，如果大家在前面的运行的有问题，可以把这几个方法都尝试一遍。

参见：

(最全)关于fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(species) - 知乎 (zhihu.com)

二、我是在linux上跑的R，以上方法都试过了，还是报错，

继续寻找网上的一些方法，大家说可能是R版本问题，有人用R4.1.3运行上述解决方法就成功了，于是我决定尝试一下，但是我没有在linux上重装R4.1.3，而是在自己电脑上下了一个R4.1.3，可参见这篇文章进行下载：(2条消息) 安装低版本的R语言、和自行下载安装各个版本的R语言包、以及多环境运行R_卧新实验室的博客-CSDN博客_r语言旧版本安装

然后切换RStudio的R版本，相关操作也可参考上面那篇文章。 

然后重新下载相关R包 ，

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(ggplot2)
BiocManager::install('clusterProfiler')
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db) ##加载人类
install.packages("R.utils")
library(R.utils)
#改变KEGG下载方式
getOption("clusterProfiler.download.method")
R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")

 成功！

> ekegg <- enrichKEGG(gene, organism = organism)

Reading KEGG annotation online:

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