学习小组Day6-邱邱

学习R包
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。
学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。　包的使用是一通百通的，以dplyr为例

安装和加载R包

1.镜像设置
初级模式
在使Rstudio的时候为了加速包的下载，都会配置一个国内镜像，最开始是要在Rstudio的程序设置中，但是这个是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的；另外即使设置了这里，Rstudio也不是每次都能真的从CRAN去下载包，可以通过options()BioC_mirror 试试。
高级模式
不想每次打开Rstudio都要运行一遍镜像配置，找之前的代码去复制。
这里就需要用到R的配置文件 .Rprofile
Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是.Renviron，它是为了设置R的环境变量；.
Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍。这个过程就是在启动Rstudio时完成的。
Ⅰ首先用file.edit()来编辑文件：file.edit('~/.Rprofile')
Ⅱ然后在其中添加好上面的两行options代码
Ⅲoptions("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
最后保存=》重启Rstudio，这时你再运行一下：options()BioC_mirror 就发现已经配置好了，就很方便地省了手动运行的步骤.

微信图片_20200826172430.png

2.安装
确保联网再操作
R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，存在于哪里？可以谷歌搜到。
3.加载
下面两个命令均可。
library(包)
require(包)

安装加载三部曲

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("dplyr")
library(dplyr)
示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列
2.select(),按列筛选
(1)按列号筛选；(2)按列名筛选
3.filter()筛选行
4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
5.summarise()：汇总 对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强

dplyr两个实用技能

1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
      （加载任意一个tidyverse包即可用管道符号）
2：count统计某列的unique值

dplyr处理关系数据

即将2个表进行连接，注意：不要引入factor
1.內连inner_join,取交集
 2.左连left_join
 3.全连full_join
 4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
 5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
 6.简单合并