Multi-omics Hammer软件介绍

 《生信小院》公众号也开通了一段时间，期间分享了自己使用R语言的一些脚本与数据分析的一些心得。但是总觉得这样零零总总的介绍无法能够系统的帮助别人学习数据分析以及数据可视化工作。正好本公众号曾经分别使用java和python编写了一个数据分析的GUI程序Multi-omics Hammer软件（打包成jar软件）和可视化的GUI程序Multi-omics Visual软件（打包成exe软件），现正式先将Multi-omics Hammer发布出来（Github地址为https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer），欢迎各位读者下载使用并多提意见，帮助改进相关程序。只是改进的进度可能要全凭本人时间安排，无法强求（因为主业更重要）。接下来，本篇先介绍一下Multi-omics Hammer软件的由来和相关的信息。

首先，介绍一下Multi-omicsHammer软件的logo吧（logo版权所有，翻版必究）。logo也已经先期发表在公众号中。

Thelogo of Multi-omics Hammer

     顾名思义，中文名为多组学锤子，就是用来撬开多组学分析这块硬骨头的一把锤子（只是愿景，无法实现）。当然，现如今，‘锤子’已经相当之多，本锤子可能功能与其他锤子有重叠，但是也有自身的一些优势吧，比如说更适合一开始做生信分析的人。偏题了，介绍一下本logo的含义吧。当今各种组学技术层出不穷，包括转录组学，蛋白组学、基因组学等等，很好的帮助人们解开各种生物现象。这些组学的基础是以核酸和氨基酸为代表。因此，本logo的字母部分也是以这个为灵感。其中第一列的每三个英文字母分别代表一个密码子，而三个密码子下面的字母则代表由这个密码子翻译的氨基酸。这三个氨基酸组成的单词就是ant，也就是蚂蚁。表明软件本作者目前（未来不好说）希望像一个蚂蚁一样，勤勤恳恳在人们走向生物世纪（小学的时候就被忽悠了，目前还看不到这一倾向）的过程中做出一点点微博的力量。

     其次，介绍一下本软件开发的初衷。该软件开发的初衷是因为当时做转录组相关的数据分析，需要在linux系统下撰写许多许多的脚本，但是这些脚本无法在windos下运行，因此思考是否能写一个软件实现windows下分析数据的功能。虽然，linux在数据分析方面具有显而易见的优势，但是对于一些简单的数据分析，或许可以在windows上实现。

图2

     上图是软件开发的简单架构吧，主要包括一下几大项功能：比对（Aligment）、Blast结果可视化（Blast_visual）、基因组相关（Genome_relate）、图论工具（Graph_theory）、软件说明（Help）、引物序列处理（Primer）、序列处理套件（Sequence_operation_kit）、公共方法（Publicmethod）、集合处理（Set_operation）和矩阵化数据处理（Data_process_as_matrix），其中矩阵化数据处理（Data_process_as_matrix）已经在以下几篇推文中做了介绍（本软件之前曾命名为Cptools软件），后面的推文将先以此软件为基础进行介绍。

     总结一下，对于专搞计算的，可能不屑于写这种软件，而对于专做实验的，可能没时间写这种软件。所以对于我这种两边都擅长的人，正好充分发挥自己的劣势，鼓捣一下。

最后，进一步推广一下我开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件，具体地址的话可以去github上搜索，欢迎大家多多使用，多提宝贵建议。搜索V信，公众，号：生信小院，其中分享了更多了与生信学习的相关信息，欢迎大家阅读。